转帖 PBS提交任务及查看.doc

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1、PBS提交任务及查看任务转用户通过qsub命令来向系统提交任务，有两种方式提交：脚本方式和命令行方式。(一般情况下，不允许root用户使用qsub命令提交作业)。下面先讲一下用这两种方式提交作业的过程。脚本方式提交用户将需要执行的程序或命令写入脚本中，再加入一些必要或者可选的语句，就可以通脚本方式提交。脚本提交比较方便，用户可以用最简单的文字编辑器(例如vi)编写一个脚本，然后使用qsub命令提交该脚本，pbs会按照脚本内容执行相应的任务。脚本提交的不足之处就是需要用户执行任务前编写脚本。脚本方式提交任务的一般

2、格式为：qsub[script_name]，script_name是任务脚本的名称。下面介绍pbs任务脚本的编写方法。pbs任务脚本包括三部分：*shell说明语句：用来说明用户使用的是哪种shell，例如#！/bin/sh说明用户需要使用Bourneshell，如果用户没有指定，则默认为Bourneshell*pbs指示语句：pbs指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务的一些属性的。以#PBS开头，如#PBS–Ntaskname是用来设置任务名称的。pbs指示语句是可选的，用户可以不用关心它如何

3、写，系统会自动设置。*pbs指示句的一个主要作用是请求任务执行时所需要的系统资源，如cpu数目，存储容量，运行时间，运行优先级等等。以脚本方式提交的任务的资源请求是通过pbs指示语句，一般格式为#PBS–l[选项=][选项对应的值]，如#PBS–lncpus=5表示请求5个cpu为之服务。系统资源如下所示arch所需要的系统结构，只用在资源块中-larch=linuxcput任务的所有进程拥有的最大cpu执行时间-lcput=1：00：00file任务能够创建的文件的大小-lfile=45mbhost指定执行主

4、机的名称-lnodes=X：host分配X个主机名称中含有host的执行节点mem任务的所有进程能够分配到的最大物理内存数-lmem=100mbncpus请求的cpu数-lncup=5nice任务运行时的nice优先级值-lnice=3pcput任务的任何一个进程拥有的最大cpu执行时间-lpcput=1：00：00pmem任务的任何一个进程能够分配到的最大物理内存数-lpmem=45mbpvmem任务的任何一个进程能够使用的虚拟内存的最大数-lpvmem=100mbvmem任务的所有并发进程能够使用的最大虚存

5、数-lpvmem=100mbwalltime任务可以处于运行态的最大wall-clock时间-lwalltime=1：00：00customresources用户自定义资源最常用的几种资源是：walltime,ncpus,mem,host。其它可以不用太关心。资源请求的两种方式：a、资源块方式：资源块是将任务所需的资源作为一个整体，这个整体中说明了所需要的各种资源的数目。其格式为：-lselect=[N：]chunk[+[N：]chunk…]，如qsub–lselect=2：ncpus=3：mem=4gb：ar

6、ch=linux，select=2表示需要2个这样的资源块，一个资源块包括3个cpu，4gb的内存，系统结构要求是linux，即总共需要6个cpu，8gb的内存。再如：-lselect=2：ncpus=1：mem=10GB+3：ncpus=2：mem=8GB：arch=solaris注意中间的+号，是两个资源块的分隔符b、请求全任务(job-wide)资源：格式为–lkeyword=value[,keyword=value.]如：qsub-lncpus=4,mem=123mb,arch=linux任务(程序或命

7、令)：可以是用户程序(如C程序)，也可以是系统命令下面是一个完整的任务脚本例子，脚本名为mytask：1.#！/bin/sh//指明所用的shell2.#PBS–Nmytask//设置任务名称3.#PBS-lwalltime=1：00：00//请求任务执行时间4.#PBS-lselect=ncpus=4：mem=400mb//请求任务执行所需资源5.#PBS-joe//设置相关属性(文件合并)6.date/t//系统命令(打印日期时间)7..my_application//所要执行的任务(当前目录名为my_a

8、pplication的任务)8.date/t//系统命令第1行说明所用的shell；第2至5行是pbs指示语句，设置了任务的一些属性，并请求了资源；第6至8行是要执行的命令及任务。编写完脚本后，使用qsub命令提交脚本，在shell下输入：qsubmytask后敲回车。系统会输出一个任务标识符：sequence-number.servername，如220.cnode01。sequen