利用GWAS对深县猪繁殖性状的研究

《利用GWAS对深县猪繁殖性状的研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、硕士学位（毕业）论文利用GWAS对深县猪繁殖性状的研究学位申请人：宋志芳指导教师：曹洪战教授学科专业：动物遗传育种与繁殖学位类别：农学硕士授予单位：河北农业大学答辩日期：二〇一八年五月二十八日分类号：S828单位代码：10086密级：公开学号：20152140287利用GWAS对深县猪繁殖性状的研究StudyonthereproductivetraitsofShenxianpigbyusingGWAS学位申请人：宋志芳指导教师：曹洪战教授学科专业：动物遗传育种与繁殖学位类别：农学硕士授予单位：河北农业大学答辩日期：二〇一八年五月二十八日缩略词表中文名称缩写

2、英文名称全基因组关联分析GWASGenome-wideassociationstudy单核苷酸多态性SNPSinglenucleotidepolymorphisms脱氧核糖核酸DNADeoxyribonucleicacid数量性状基因座QTLQuantitativetraitlocus扩增片段长度多态性AFLPAmplifiedfragmentlengthpolymorphism限制性片段长度多态性RFLPRestrictivefragmentlengthpolymorphism表达序列标签ESTExpressedsequencetag随机扩增多态性RAP

3、DExpressionsequencelabel多区间作图MIMMultipleintervalmapping多性状作图MTMMultipletraitmapping标记辅助选择MASMarker-assistedselection连锁不平衡分析LDLinkagedisequilibrium传递不平衡检验TDTTransmission/disequilibriumtest简单序列重复SSRSimplesequencerepeats一般线性模型GLMGenerallinearmodel主成分分析PCAPrincipalcomponentanalysis分位点

4、-分位点图Q-QplotQuantile-quantileplot猪的染色体SSCSusscrofachromosome总产仔数TNBTotalnumberborn产活仔数NBANumberbornalive初生重BWBirthweight初生窝重LWBLitterweightbornalive断奶重WWWeaningweight断奶窝重TWWTotalweaningweightoflitter乳头数TNTeatnumber哈迪-温伯格平衡检验HWEHardy-weinbergequilibrium混合线性模型MLMMixedlinearmodel多维标度

5、分析MDSMultidimensionalscalinganalysis基因组控制GCGenomiccontrol分别比较当状态一致IBSIdentity-by-state结构关联SAStructuredassociation质量控制QCQualitycontrol变异系数CVCoefficientofvariation摘要繁殖性状是猪生产中重要的性状之一，与养殖场的经济效益密切相关。虽然繁殖性状容易测量，但其遗传力小，采用传统育种方法取得的遗传进展慢。深县猪的繁殖性能较好且变异系数大，但影响其繁殖性状的变异机理还未被研究。随着SNP芯片的不断研发和基因组

6、计划的发展，高密度SNP芯片被越来越多地用于畜牧研究中。因此本研究采用IlluminaPorcine80KSNP芯片对河北省的唯一地方猪种深县猪的总产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、断奶重、断奶窝重和乳头数等繁殖性状进行全基因组关联分析，以期筛选到显著影响深县猪繁殖性状的SNPs位点，丰富深县猪的分子育种研究工作。选择具有完整繁殖记录的68头纯种深县猪，采集血样，利用IlluminaPorcine80KSNP芯片进行基因分型，将表型数据和基因型数据进行质控后，采用混合线性模型方法分析。为降低关联结果的假阳性，需要对研究群体进行群体分层校正，然后采用Bon

7、ferroni方法校正关联结果的P值，并对所有显著SNPs位点进行单倍型分析。取得的结果如下：1、通过对深县猪各繁殖性状的描述性统计，得出总产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、断奶重、断奶窝重和总乳头数的平均值分别为13.82头、12.41头、1.05kg、12.44kg、6.15kg、76.27kg和15.99个，变异系数分别为25.33%、26.99%、20%、30.95%、20%、28.96%和7.44%。2、通过对各繁殖性状的表型相关分析，得出产活仔数和总产仔数均与初生窝重和断奶窝重的表型相关均达到了极显著水平。3、质控后共得到了61404个SNP

8、s位点，分布于每条染色体上。4、Bonferroni校正后的基因组