dna芯片技术筛选膀胱移行细胞癌信号转导相关基因

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1、DNA芯片技术筛选膀胱移行细胞癌信号转导相关基因作者：张克勤，靳风烁，叶锦，孙中义，张勇，吴刚，高琳【关键词】膀胱移行细胞癌；信号转导；DNA芯片　　DNAchipanalysisofsignaltransductiongenesinhumanurinarybladdertransitionalcellcarcinoma　　ABSTRACT:ObjectiveToinvestigatethechangeofsignaltransductiongenesinhumantransitionalcellcarcinoma(TCC).MethodsDNAchipwasusedtodetectthem

2、RNAfrom11humantransitionalcellcarcinomatissuesandtoinvestigatethegenesrelatedtosignaltransduction.ResultsContrasttonormalbladdermucousmembranetissues,therewere189differentiallyexpressedgenes,inwhich102geneswereobviouslyupregulatedand87geneswereobviouslydownregulatedinhumanTCCtissues.Therewere35diff

3、erentiallyexpressedgenesrelatedtosignaltransduction,inwhich13geneswereobviouslyupregulatedand22geneswereobviouslydownregulated.ConclusionManydifferentiallyexpressedgenesrelatedtosignaltransductionplayaroleinthedevelopmentofbladdertransitionalcell8carcinoma.　　KEYWORDS:bladdertransitionalcellcarcinom

4、a;signaltransduction;DNAchip　　摘要：目的探讨人膀胱移行细胞癌信号转导相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与细胞信号转导相关的差异表达基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，11例膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与细胞信号转导相关的差异表达基因有35个，明显上调基因13个，明显下调基因22个。结论膀胱肿瘤的发生与发展与多种细胞信号转导相关基因的异常表达有关。　　关键词：膀胱移行细胞癌；信号转导；DNA芯片　　为探讨细胞信号转导相关基因在膀胱肿瘤发生及发展中的作用，我们

5、使用人肿瘤基因表达谱芯片对11例膀胱移行细胞癌组织的基因表达谱进行了测定，并进一步对差异表达的细胞信号转导相关基因进行了筛选，报告如下。　　1材料与方法8　　1.1临床资料11例膀胱移行细胞癌(transitionalcellcarcinoma,TCC)组织取自第三军医大学附属大坪医院泌尿外科2000年2月至2004年4月手术切除标本，均经病理证实。患者年龄在42岁至73岁，平均年龄54岁。3例肿瘤为单发，8例为多发，病灶大小1.0cm×1.5cm-2.8cm×3.5cm。病理分级：Ⅰ级4例，Ⅱ级4例，Ⅲ级2例，Ⅰ-Ⅱ级1例。临床分期(UICC)：Tis1例，Ta2例，T16例，T22例。正

6、常组织取自距肿瘤基底部至少2cm以外黏膜，且经组织学检查证实。　　1.2组织总RNA提取及mRNA纯化采用异硫氰酸胍一步法抽提正常膀胱黏膜组织和TCC组织总RNA，按Qiagen公司OligotexmRNAMidiKit的操作说明书纯化mRNA，-80℃保存备用。　　1.3荧光探针的标记及DNA芯片制备参照Schena等[1]的方法逆转录标记cDNA探针并纯化。Cy3dUTP标记正常组织mRNA(3μg)，Cy5dUTP标记TCC组织mRNA(3μg)。BioDoor4000D人肿瘤基因表达谱芯片[2]，由上海博道基因有限公司提供。将基因芯片和杂交探针在95℃水浴变性5min，将混合探针加在

7、基因芯片上，置于60℃杂交15-17h。依次以2×SSC+0.2%SDS、0.1%×SSC+0.2%SDS、0.1%×SSC洗涤10min，室温晾干。8　　1.4检测与分析用ScanArray3000扫描仪分别于下列波长下扫描芯片：Cy3：532nm；Cy5：635nm。然后采用ImaGene3.0软件分析Cy3和Cy5两种荧光信号的强度，计算Cy5/Cy3比值。用以下条件作为判断基因表达显著的标准：Cy5/