基于多特征融合和集成的蛋白质相互作用预测.pdf

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1、密级：公开硕士学位论文 ����猵����������������� 关于学位论文使用授权的声明论文作者签名砖 ���．�裁�侗鹉Ｐ�������蛋白质特征融合方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．���蛋白质相互作用的分类⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．� 基于多特征融合和集成的蚩臼质相互作用预测��蛋白质相互作用的分类器介绍⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯���集成学习理论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯�第五章基于共鸣识别模

2、型的蛋白质相互作用预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。���实验数据的选取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．���特征的提取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．���分类模型的设计⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。���实验结果及分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．��第六章总结与展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．���全文总结⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

3、⋯⋯⋯⋯⋯．．���前景展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．�参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．�致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．� 济南大学硕士学位论文� 目前蛋白质序列的数量急剧增加，而每年已知结构的蛋白质数量却增长缓慢，因此迫切的需要开发快速、准确地计算工具来预测蛋白质的相互作用。本论文围绕蛋白质相互作用预测的几个重要方面：蛋白质特征提取方法，机器学习算

4、法以及集成学习算法展开研究，目的是要得到一种能够快速、有效蛋白质相互作用进行预测的方法。蛋白质相互作用预测问题，本质上是一个模式识别问题。我们进行的研究是蛋白质氨基酸序列是唯一决定蛋白质相互作用的因素，并且对于相同类别的蛋白质，其氨基酸序列存在某种内在的规律性，这种内在规律用数学公式来表达是十分困难的。用机器学习的方法来进行蛋白质相互作用预测，是一个有监督学习过程，通过已知类别的蛋白质序列样本来训练神经网络、支持向量机、贝叶斯神经网络等机器学习模型，让其学习到蛋白质序列内部的规律，从而使其在遇到未知类

5、别的蛋白质时可以做出科学合理的判断。 基于多特征融合和集成的蛋白质相互作用预测 济南大学硕士学位论文���������．���������������������������瑃��������������������������������������������������������������������，����������瑃� 基于多特征融合和集成的蛋白质相互作用预测������������������������������������������瑆�������������������，

6、����������簆��� 济南大学硕士学位论文帚第一早章硒绪记论近几年来，随着人类基因组计划和一些模式生物基因组计划的相继完成或全面实施，给人们留下了大量的生物学数据，生物学研究进入了后基因组时代。后基因组时代的生物学研究重点从积累数据转向分析解释这些数据过渡转移。因为生物学数据的大规模性和生物学数据之间关系的复杂性，人们需要利用计算机来存储以及处理这些生物学数据，生物信息学便应运而生了。生物信息学是生命科学与计算机科学、数理科学、化��研究背景及意义与蛋白质结构之间的信息传递关系称为第二部遗传密

7、码。某个特定的蛋白质每次总是折 基于多特征融合和集成的蛋白质相互作用预测图��蛋白质相互作用的宏观图图��蛋白质相互作用的微观图蛋白质相互作用在生物体中的广泛存在的，最常见并且最容易理解就是免疫过程， 济南大学硕士学位论文所示。各个氨基酸分子的不同之处就在于其有不同的侧链基团，因此也造就了氨基酸分子在形态、性质和功能上的巨大差异。每一个氨基酸分子可以用三个字母或一个字母来标示，如表��。一个氨基酸的羧基与相邻氨基酸的氨基脱水缩合会形成一个肽键，而多个氨基酸通过肽键相连就会形成一个肽链。由于在形成肽键的

8、过程中两个氨基酸会失去一分子水，因此称此时失去氢氧基团或氢基团的氨基酸分子称为氨基酸残基�】。 基于多特征融合和集成的蛋白质相互作用预测上表���种标准氨基酸的英文简写蛋白质在生物体内进行相互作用主要有五点意义，细胞内外信息传递；结合酶催化 之后，对研究第二种间接的相互作用有很大的帮助。��国内外研究现状在过去几十年的研究过程中，研究人员研究出许多方法来用于进行蛋白质相互作用���能够实现一个识别位于��效应基因���畆�������的上游激活序����