基于融合特征的蛋白质亚细胞定位预测

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1、基于融合特征的蛋白质亚细胞定位预测学校代号：学号：密级:普通湖南大学高校教师硕士学位论文基于融合特征的蛋白质亚细胞定位预测堂僮虫造厶丝刍；因虫差杨胜副塾援勋姓名盈驱叠；焦星抖堂皇工猩堂医埴羞皇僮牛垒旦鱼旦迨宴提童旦期生垒刀墨旦诠塞笠迸旦甥；・・，湖南大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。木人完全意识到木声明的

2、法律后果由本人承担。日期:•加年月弓日作者签名：、曷呷美学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权湖南大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以釆用影卬、缩卬或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于、保密口，在年解密后适用本授权书。、不保密回。请在以上相应方框内打“、厂‘口期:加为年月弓口作者签名：雨呷粟导师签名：日期：年月丫日枷基于融合特征的蛋口质II细胞定位

3、预测摘要随着人类基因组计划的顺利完成,越来越多的序列和蛋口质序列被测定出来，单纯的生物实验已经无法填补大量序列信息与严重不足的蛋白质功能注释之间的空隙，而且既耗时，成本又高，所以迫切的需要通过计算的方法来预测蛋白质功能。然而，另有生物学研究表明，蛋白质功能与蛋白质亚细胞定位是密切相关的，蛋白质亚细胞定位信息可以为蛋白质功能的研究提供有用的线索。因此为了进一步了解蛋白质的功能,识别蛋白质的亚细胞定位成为了蛋白质组学的一个重要研究方向。本文主要围绕这一主题，针对蛋白质序列的编码方法和分类预测算法两方面进行了研究，并在不同的

4、数据集上分别进行了测试和分析。本文的主要创新工作概括如下：本文提出了一种新的蛋白质序列编码方法，该方法由三个序列特征融合而成，第一个序列特征为传统的维的氨基酸基本组成,第二个序列特征为氨基酸位置信息，主要提取了每个氨基酸残基在序列中的位置信息，第三个序列特征为氨基酸局部顺序信息，我们将每个氨基酸残基用五位码表示,那么每条长度的蛋白质序列，局部顺序信息可以用一个行列的矩阵表示，之后我们再计算该矩阵每行四联体出现的频率。在本文屮，我们采用最近邻分类算法作为预测分类工具，在两个不同的凋亡蛋白数据集上进行测试，并在该这两个数据

5、集上进行自检验和刀切法检骑，由实验结果可知，此方法获得了较好的预测效果，与其他方法相比，也具有明显的优势。关键词:亚细胞定位;序列编码;特征提取;氨基酸组成;最近邻算法高校教师硕士学位论文，•、?,基于融合特征的蛋白质亚细胞定位预测目录学位论文原创性声明和学位论文版权使用授权书?摘要…插图索引附表索引？・・论第章绪・引一言・・•研究背景及意义…•国内外研究现状?一•论文主要内容及结构安排？第章蛋白质亚细胞定位中的预测方法?..蛋白质亚细胞的相关基础知识简介••蛋白质简介??…..亚细胞结构及其功能••.数据集的构建…O

6、数据库简介?••…实验数据的筛选??…•蛋白质序列信息的特征提取方法・・..基于氨基酸组成的特征提取算法••基于残基酸物理化学性质的特征提取算法？..其他特征提取方法？・・•分类预测方法••基于统计的分类预测算法?・・••数据的归一化…..基于机器学习的分类预测方法・分类预测性能评估.・小结第章基于融合信息的序列编码方法?一•引?言•序列编码与特征提取??••小结IV高校教师硕上学位论文第章基于融合编码的亚细胞定位预测？・引一言•数据集•实验与分析..最近邻分类算法??一••预测结果的分析与比较??一•小结论.参考文献

7、致射.附录攻读学位期间所发表的学术论文？基于融合特征的蛋口质亚细胞定位预测插图索引图.氨基酸的结构示意图?.图•真核细胞的主要细胞器分布示意图.图•蛋白质序列中氨基酸残基之间的紧邻模式图??•图.算法分类原理一图.最优分界面示意图？一图•蛋白质序列的•矩阵？图.取不同值对:预测精度的影响结果.高校教师硕士学位论文附表索引表•蛋白质亚细胞预测和典型特性站点.表.种氨基酸的中英文名称及字母缩写表•位置信息表达结果值??一表.一序列中各个四联体岀现的次数和频率值??・表.数据集的构成？？・・表.数据集的构成？？・表•在数据集

8、上的预测结果?••表•在数据集上的预测结果?.表.数据集上以氨基酸组成为参数的刀切法检验结果.表.数据集上以氨慕酸组成氨慕酸位置信息为参数的刀切法检验结果表.数据集上以氨基酸组成氨基酸位置信息氨基酸序列局部顺序信息为参数的刀切法检验结果表.数据集上以氨基酸组成为参数的刀切法检验结果表.数据集上以氨基酸组成氨基酸位置信息为参数的刀切