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时间:2018-07-10
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1、实验七 核酸序列分析一、实验目的1.掌握采用相关软件分析核酸序列分子质量、碱基组成及碱基分布等。2.掌握核酸序列变换的分析方法。3.掌握核酸序列限制性酶切分析方法。4.了解引物设计的基本知识。5.了解NCBI序列信息提交方法,学习运用Bankit进行序列提交。6.了解构建系统发育树的基本方法。二、实验内容及操作程序(一)DNAMAN的安装和基本操作1.下载、安装DNAMAN软件。2.使用Entrez信息查询系统检索一条你感兴趣的序列,如cytochromeoxidase(细胞色素氧化酶)、catalse(过氧化氢酶)、H5N1(禽流感)、peroxidase(过
2、氧化物酶)、SOD(SuperoxideDimutase)等部分或全长核酸序列,阅读序列注释,理解其含义;并将该序列以FASTA序列格式显示和保存。3.打开DNAMAN软件,点击edit→entersequence→粘贴序列→OK(即生成一个文件)→点击File→Saveas保存该序列文件(以.seq为后缀)。4.浏览该序列文件,在输出结果中Composition(碱基组成)和Percentage(碱基百分比)以及MolecularWeight(分子质量)栏目中清楚地给出了关于该条序列的有关结果,并记录之。5.序列载入6.选择工作区左侧软件提供的Channel工
3、具条,点击数字即可激活相应的Channel,每个Channel可存放一条序列。7.从碱基计数1开始,选中该序列的所有碱基,点击Sequence→LoadSequence→Fromselection,即将该序列载入激活的Channel内,此时可对本序列进行分析。66(二)DNAMAN软件使用1.序列变换使用DNAMAN软件可以很容易地实现序列变换,这些功能集中在Sequence→Display,从中选择不同的序列变换方式对当前Channel的序列进行转换(互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列等)。2.限制性酶切分析限制性酶切分析是分子生物学
4、实验中的日常工作之一,DNAMAN软件的Restriction便具有该功能。点击Restriction/RestrictionAnalysis,选择其中一些参数,可分析当前Channel序列酶切位点。63.引物设计将待分析的序列载入某一Channel,并激活该Channel。点击主菜单栏的Primer/DesignPCRPrimersforDNA,选择合适参数设计引物,并选择其中一对引物,应用Primer下拉菜单中的选项,分析其退火温度、与DNA链的互补配对情况、单引物内部碱基配对情况、两条引物之间的配对情况。(三)序列递交熟悉Bankit,了解在线序列提交方法
5、。6(四)构建系统发育树在Sequence→Alignment→Multiplesequencealignment,对多序列进行比对,再选择合适的输出方式。6三、作业1.分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成及碱基分布。2.列出你所分析核酸序列(或部分序列)的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列。3.列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果(酶及识别位点)。4.分析一对你所设计的引物,并对其进行综合评判。5.绘出你所比较序列的系统发育树。6
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