生物信息学 实验 核酸序列分析

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1、核酸序列分析【实验目的】1、掌握核酸序列检索的基本步骤；2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；3、掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析；【实验内容】1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素(leptin)的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析’3、使用DNAclub软件对人瘦素(leptin)的mRNA序列进行可读框架分析；4、使用NCBI查询系统进行人瘦素(leptin)的基因组序列分析【实验方法】1、调用

2、Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；3、在输入栏输入homosapiensleptin;4、点击go后显示与LEP相关的序列信息，5、查找人leptin的mRNA或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息；6、将序列转为FASTA格式保存7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析(反向或互补序列转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找)；8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA(Conti

3、g)的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；9、分析人瘦素(leptin)的基因组序列；查找外显子与内含子序列。【作业】1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果；2、写出人leptinmRNA序列酶切位点3个。ORIGIN1GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGgtaaggccccggcgcgctccttcctccttct61ctgctggtctttcttggcaggccacagggccccacacaactctggatcccggggaaactg121agtcaggagggatgcagg

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5、gagtatgcggggacaaagtagaactgca10921gccagcccagcactggctcctagtggcactggacccagatagtccaagaaacatttattg......13021aggcagcccagagaatgaccctccatgcccacggggaaggcagagggctctgagagcgat13081tcctcccacatgctgagcacttgttctccctcttcctcctgcatagCAGTCAGTCTCCTC13141CAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCTGGGCTCCACCCC

6、ATCCTGACCTTATC13201CAAGATGGACCAGACACTGGCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAA13261CGTGATCCAAATATCCAACGACCTGGAGAACCTCCGGGATCTTCTTCACGTGCTGGCCTT13321CTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGGGCCAGTGGCCTGGAGACCTTGGACAGCCTGGGGGG13381TGTCCTGGAAGCTTCAGGCTACTCCACAGAGGTGGTGGCCCTGAGCAGGCTGCAGGGGTC13441T

7、CTGCAGGACATGCTGTGGCAGCTGGACCTCAGCCCTGGGTGCTGAGGCCTTGAAGGTCA13501CTCTTCCTGCAAGGACTACGTTAAGGGAAGGAACTCTGGCTTCCAGGTATCTCCAGGATT......16081CACTAGATGGCGAGCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAA16141AGTTAGCTGAGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCCACTCGGGAGGCTGAGACAGG16201AGAATCGCTTAAACC

8、TGGGAGGCGGAGAGTACAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTG