适用于转录组测序的棉花幼根总rna提取方法筛选

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1、棉花学报CottonScience2013袁25渊4冤院372~376适用于转录组测序的棉花幼根总RNA提取方法筛选*王春晖袁赵云雷袁王红梅袁陈伟袁龚海燕袁桑晓慧渊中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳455000冤摘要院棉花幼根中含有大量酚类物质尧多糖和单宁等多种次生代谢物袁且根部取样时会带有少量的泥土和有机质等污染物袁因此棉花幼根RNA提取难度较大遥本文采用两种试剂盒法和改良的异硫氰酸胍法袁筛选适合转录组测序的提取棉花幼根RNA的方法遥与试剂盒法相比袁改良的异硫氰酸胍法具有浓度高尧质量好等特点袁能

2、够满足转录组测序的要求遥关键词院棉花曰转录组曰RNA提取方法曰根部中图分类号院S562.035文献标志码院A文章编号院1002-7807(2013)04-0372-005*WANGChun-hui,ZHAOYun-lei,WANGHong-mei,CHENWei,GONGHai-yan,SANGXiao-hui(455000,)Itisdifficulttoobtainhigh-qualityRNAfromyoungcottonroots,becausetheroottissuescontainlargeamountsof

3、varioussecondarymetabolites,includingpolyphenolics,polysaccharides,andtannins.Also,soilandotherorganiccontaminantsareoftenmixedwiththerootswhensampling.Inthisstudy,twocommercialkitsandanimprovedguanidinethiocyanatemethodwerescreenedasmethodstoisolatetotalRNAfromyo

4、ungcottonroots,withtheaimofproducingRNAofsufficientqualityforRNA-sequencinganalyses.TheresultsshowedthatcomparedwiththeplantRNAoutkits,theimprovedguanidinethiocyanatemethodresultedingreaterquantitiesofRNA,andhigherRNAquality.TheRNAobtainedusingthismethodwassuitabl

5、eforRNA-sequencinganalyses.cotton;RNA-seq;RNAextractionmethod;cottonroot获得纯度高尧完整性好的RNA是实验成功或功能状态下转录出来的所有RNA的总和遥转的前提遥棉花根部富含酚类物质尧多糖等多种次录组测序是最近发展起来的利用深度测序技术[1][9]生代谢物袁难以完全去除袁会干扰RNA的分离袁进行转录组分析的技术袁是基因表达和转录组因此能否在提取过程中尽量去除这些干扰物质分析的重要手段袁已广泛应用于生物学研究尧医[10]是获得棉花根部高质量总RNA的关键遥

6、前人已学研究尧临床研究和药物研发等遥转录组测序样-1经建立了多种RNA提取方法袁主要有院CTAB酸品要求院植物样本RNA浓度逸400ng窑滋L尧总[2][3][4][5]酚法尧CTAB法尧热酚法尧冷酚法尧SDS酸酚量逸20滋g曰RNA样品要求A260/280为1.8～2.2袁[6][7][8]法尧异硫氢酸胍法尧热硼酸/蛋白酶K法和A260/230＞1.8袁且完整性良好曰对于总RNA要求RNA提取试剂盒等袁这些方法都能提取到棉花总RNA28S:18S＞1.0遥因此袁找到一种适用于棉花RNA袁但不同方法在提取效果尧试剂成本尧操

7、作步根部高质量RNA的快速提取方法可以为转录组骤上有所区别遥目前国内外关于棉花根部总RNA测序及相关分子生物学的研究奠定基础遥本研究的提取的研究较少袁适用于棉花根部转录组测序通过比较常用的试剂盒法和改良的异硫氰酸胍的更少遥法提取棉花根部总RNA袁发现改良的异硫氰酸胍转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段法提取的RNA浓度最高尧质量最好袁能够满足转收稿日期院2013-01-28作者简介院王春晖渊1987-冤袁女袁硕士研究生袁chunhui0514@163.com;*通讯作者袁wanghm@cricaas.com.cn基金项目院

8、国家自然科学基金渊31000733冤曰2013年中央级公益性科研院所基本科研业务专项渊SJB1308冤4期王春晖等院适用于转录组测序的棉花幼根总RNA提取方法筛选373录组测序的要求遥另一离心管中袁反复抽提数次袁直至界面无明显物质曰加入等体积的异丙醇袁-20益沉淀45min-1材料与方法以上遥4冤120