swiss-pdbviewer使用说明

《swiss-pdbviewer使用说明》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、DeepView(曾经叫做Swiss-PdbViewer),也叫DV或SPV，是一种界面友好，基于计算机应用，功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服务器的ExPASy设计的，生物学家可以通过英特网从该服务器免费获得。一．OverviewSwiss-PdbViewer又叫DeepView.它的功能如下：a.显示和分析生物大分子（protein）的结构与图解；b.给予一段氨基酸序列，从头建立蛋白质结构模型c.找出并显示蛋白质中、蛋白质间、基团间的氢键d.通过检晶仪检测电子密度图，判断电子密度图谱和模型的质量，从而可以确定蛋白质模型中许多

2、普通类型的缺陷；e.同时显示分析多个蛋白质的3D结构和序列；f.计算氨基酸残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。g.对序列已知结构未知的蛋白质，DeepView会将氨基酸序列递交给ExPASY,通过找到同源序列进行比对，将比对结果通过ExPASY递交给SwissModel，做出同源模型。二．GettingStarted载入一个蛋白质分子的方法有以下几种a.可以直接在菜单file→openPDBfileb.也可以在打开PdbViewer之后再直接把pdb文件拖进去即可c.另外也可以通过快捷键ctrl+o打开pdb文件d.在菜单file最下面的最近使

3、用的pdb文件中直接打开e.在菜单file中点击Import,出现对话框，在Name栏中键入PDBID，如“1HEW”，点击“GrabfromSERVER”下面的“PDBFile”，模型就会以棍状形式出现。从这里我们可以看出，载入一个蛋白分子，不仅可以使用PDBID,还可以使用ExPDBID,SwissModel中的编号，UppsalaEDS中的电子密度图编号，pubchemCID，Uniprot和GenBank中的序列号等。保存PDB文件a.可以通过file→Save→CurrentLayer(Ctrl+S)保存在显示窗口活动的蛋白分子的PDB文

4、件。b.Project(shift+ctrl+S)保存所有同时打开显示的蛋白质分子。c.SaveselectedresiduesofCurrentLayer保存被选择的氨基酸残基。d.还可以保存蛋白序列的fasta格式和当前蛋白质的图像。e.保存不同蛋白间的序列比对结果。f.同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。三．WindowsandHelp在windows下有如下各种功能:controlpanel,layersinfos,alignment,等，下面以斑头雁与人的血红蛋白的序列为例，来介绍windows这些选项卡的功能。(一)Contro

5、lPanel当前显示的分子ControlPanelheader第一行是控制当前活动分子的可见性和可移动性，以及针对ControlPanel寻求帮助。第二行的功能从左至右依次是：显示氨基酸残基(show)，显示侧链(side)，标注残基(lable)，显示分子表面()，以条带形式显示螺旋和折叠(ribbons)，并且可以有选择的对各种氨基酸残基进行颜色修饰(color)。每一项上面的标志，当点击Group这一项主要列出的有：蛋白质的主链：A.B二级结构：h(helix)S(strand)氨基酸名称：如GLU,VAL等氨基酸的编号“+”时，就会针对选中

6、的氨基酸显示相应的侧链、标签、电子云等，点击“-”时，这些相应的侧链、标签、电子云消失。这两个黑色的箭头可以显示隐藏的菜单：——选择表面的类型：VDW(范德华力表面)、accesible(可及性表面)、molecular(分子表面)、user。——着色对象的类型：Backbone+side(骨架和侧链)、Backbone(骨架)、sidechain(侧链)、ribbon(条带)、lable(标签)molecularsurface(分子表面)、(二)LayersInfoslayersinfos可以同时显示多个蛋白质的信息，可以通过对layersinf

7、os的操作控制各个蛋白质的显示情况，根据使用者的需要清楚的观察各个蛋白质。点击问号标志，可以针对LayersInfo寻求帮助。列出所有载入的分子，当前活动分子用红色表示。以NCBI分类法为依据，给出蛋白所属生物的分类学地位。对每个分子，选中或不选可以控制是否执行如下表所示的各种功能，按住shift可同时控制所有载入的分子。显示在每个分子中当前选中的基团数。LayersInfoselgrpvismovaxisCAOHHbndHdstcyc分子被选中。便于序列的选择，点击下面的数字时，会选中所有属于这一基团的序列。控制蛋白的可见性。控制这个蛋白质是否可

8、以移动。给该图形加一个坐标轴，该坐标轴有三个方向：X,Y,Z。用来控制是否只显示蛋白质的α-碳原子。用来控制是否显示骨架的