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《md基本教程-溶菌酶的水溶液的md模拟》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工具[1]。这个软件包遵守GNU协议，因此可以免费从其主页（http://www.gromacs.org）上下载。GROMACS可以在linux、unix和Windows上使用。第一步建立拓扑结构本教程使用鸡蛋清溶菌酶（PDBcode：1AK1）作为目标蛋白质。首先需要从RCSB（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）网站下载其三维结构文件。然后通过诸如SYBYL、DiscoveryStudio、VMD、
2、Chimera和PyMOL等图形显示软件分析其三维结构。根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子。例如，在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时，结合在活性位点附近的水分子就必须保留。但如果利用MD模拟研究蛋白质的构象转换时，蛋白质中的结晶水就可以删除。删除PDB文件中分子可以利用简单的文本编辑软件如vi(Linux)、emacs(Linux/Mac)和Notepad(Windows)删除这些分子所对应的条目。例如，如果要删除文件中高的结晶水就可以将PDB文件中的所有“HOH”残基删除。切记不要用文字处理软件Word处理该文件。在运行p
3、db2gmx程序之前，一定要检查pdb文件中的MISSING条目。这些条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基。这一步是必须做的，因为不完全氨基酸残基或分子都会导致pdb2gmx命令的失败。这些遗失的原子或残基必须利用其他的软件补充完整。但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行造成影响，但有可能会对结果有影响。此外，还要注意pdb2gmx程序并不是万能的，它并不能为所有的分子建立拓扑结构，仅能对一些力场中定义好的分子才有效，例如大部分蛋白质，核酸，还有一些辅因子如NAD、NADH、ATP和ADP等。此外，一些糖类（海藻糖等）的力场
4、也都定义好，可以从力场文件中获得。因此，如果目标蛋白质含有小分子配基的，在运行该软件之前就需要先用简单的文本编辑软件将配基删除。最后除去结晶水和小分子配基，同时确保所有必需原子存在，此时的PDB文件中只含蛋白质原子，现在可以运行pdb2gmx命令了。常用pdb2gmx命令的详细参数：pdb2gmx-f1AKI.pdb-o1conf.gro–pconf.top–ignh此时程序会提示你选择力场（力场的选择类型与你安装的力场密切相关）：SelecttheForceField:From'/usr/local/gromacs/share/gr
5、omacs/top':1:AMBER03forcefield(Duanetal.,J.Comp.Chem.24,1999-2012,2003)2:AMBER94forcefield(Cornelletal.,JACS117,5179-5197,1995)3:AMBER96forcefield(Kollmanetal.,Acc.Chem.Res.29,461-469,1996)4:AMBER99forcefield(Wangetal.,J.Comp.Chem.21,1049-1074,2000)5:AMBER99SBforcefield
6、(Hornaketal.,Proteins65,712-725,2006)6:AMBER99SB-ILDNforcefield(Lindorff-Larsenetal.,Proteins78,1950-58,2010)7:AMBERGSforcefield(Garcia&Sanbonmatsu,PNAS99,2782-2787,2002)8:CHARMM27all-atomforcefield(withCMAP)-version2.09:GROMOS9643a1forcefield10:GROMOS9643a2forcefield(i
7、mprovedalkanedihedrals)11:GROMOS9645a3forcefield(SchulerJCC2001221205)12:GROMOS9653a5forcefield(JCC2004vol25pag1656)13:GROMOS9653a6forcefield(JCC2004vol25pag1656)14:OPLS-AA/Lall-atomforcefield(2001aminoaciddihedrals)15:[DEPRECATED]Encadall-atomforcefield,usingfullsolven
8、tcharges16:[DEPRECATED]Encadall-atomforcefield,usingscaled-downvacuumcharges17:[DEPRECATED]Gromacsforcefield(s
