gromacs教程ii-md结果分析

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1、Gromacs中文教程（II）：结果分析淮海一粟MD结果分析模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：·topol.tpr:模拟开始时包含完整系统描述的输入文件；·confout.gro:结构稳健，包含最后一步的坐标和速度；·traj.trr:全部精确轨

2、迹，包括位置、速度和随时间变化的力·traj.xtc:压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001nm)的坐标信息；·ener.edr:随时间变化的有关能量数据·md.log:模拟过程的日志附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。Eachgroupwritesonereport.Forgeneralquestionsasingleanswershouldbegiveninthereport.Q

3、uestionsspecifictoeachsimulationshouldbegivenintable,indicatedwith( T ).Answerstoquestionsfromonesectionshouldbecombinedinasingletableifpossible.先检查一下结果在开始分析前，要确定模拟是否正确地完成。有很多原因会导致模拟中断，尤其是与力场和系统平衡不充分引起的问题。为了检查模拟是否正确完成，运行gmxcheck程序：gmxcheck-ftraj.xtc看

4、看是否执行了10纳秒的模拟。==Q==Howmanyframesareinthetrajectoryfileandwhatisthetimeresolution?( T )另一个重要的信息源是日志文件。在文件md.log的末尾有模拟过程的统计数据；包括内存和CPU的使用情况和模拟时间。看看日志文件的末尾，使用'less'命令时，你可以用'G'(shift-g)命令，跳到文件末尾。==Q==Howlongdidthesimulationruninrealtime(hours),whatwasthe

5、simulationspeed(ns/day)andhowmanyyearswouldthesimulationtaketoreachasecond?( T )==Q==Whichcontributiontothepotentialenergyaccountsformostofthecalculations?Don'tbeafraidtousetheGromacsonlinemanual,tosearchintheGromacsmailinglistoreventouseGoogletogeti

6、nformationabouttheterminologyusedbyGromacs.结果可视化好玩的环节开始了。虽然很多分析都能归结为从轨迹文件中提取图像，MD当然首先要关注系统的移动。来看看轨迹文件。首先用gromacs提供的查看器ngmx来看看。虽然该软件的完善程度和视觉效果不及其他查看器，但它能够在拓扑文件信息的基础上画出键。其他查看器可能隐含远程键，这可能导致这些键被认为太长而不画出，或者会在非常接近的原子之间画出键。这是对模拟结果分析的一个常见错误源。使用ngmx载入拓扑和轨迹文件：

7、ngmx-stopol.tpr-ftraj.xtc看看程序菜单，试试不同的选项。播放动画。观看过程通过右边的选项控制。右击或左击选择选项来改变查看。==Q==Whathappensiftheproteindiffusesovertheboundaryofthebox?为了视觉美观，我们将从轨迹文件中提取1000帧(-dt10)并忽略水分子（当软件询问时，选择Protein）。而且，我们还将忽略边界的跨越，作出连续轨迹（-pbcnojump）。为了做这些工作，我们使用瑞士军刀般的gromacs工具

8、trjconv，该工具有1001个选项组合。我们用它写出一个多模型的pdb文件，从而能在Pymol中观看。trjconv-stopol.tpr-ftraj.xtc-oprotein.pdb-pbcnojump-dt10在Pymol中提取轨迹文件：pymolprotein.pdb当所有的帧装入完毕，播放动画。Mplay动画播放时，其他控制键仍在运行，可以用鼠标旋转、放大或缩小图像，也可以改变分子外观。SpectrumShowcell如果没错的话，你现在能看到蛋白质扩散、翻转跳跃。但我们对内部运动更