最新miRBase数据库简介教学讲义ppt课件.ppt

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1、miRBase数据库简介目录microRNA简介miRBase简介miRBase的主要功能:miRNA注册miRNA搜索特定miRNA具体信息miRNA靶标预测数据下载microRNA简介microRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的非编码小RNA分子，最早在线虫中发现，并广泛存在于许多真核生物和细胞中，包括植物、动物、单细胞藻类、病毒等。miRNA主要通过与靶mRNA的结合，在转录后水平介导mRNA降解(多见于植物)或翻译抑制(多见于动物)来调控基因表达。研究表明miRNA在动植物生长发育、动物细胞凋亡、癌症发生以及植物应答胁迫等方面发挥重要

2、作用。microRNA的命名规则：将物种缩写置于miRNA之前，成熟miRNA用miR表示，miRNA的基因或初级转录本中预测的茎环结构则用mir表示；miRNA简写成miR，再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字，并且编号是连续的;不同物种中同源的miRNA最好用同一个名字，同一物种中高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母；由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同miRNA成熟序列而pre—miRNA序列不同的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分；如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA，则根据克隆试验，看看哪个是主要的成熟产物，

3、次要的在后面加“*”号。miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索>hsa-let-7a-1MI0000060UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAmiRNA搜索miRNA搜索特定miRNA具体信息信息主要包括三部分：茎环结构，成熟序列(包括miRNA*)和参考文献。茎环结构和成熟序列的序列信息都可以通过“Getsequence”得到相应FASTA格式的序列。茎环结构部分除Accession、ID、Descriptio

4、n、Stem—loop信息之外，还包括Deepsequencing数据、Genomecontext、该基因相关的Databaselinks、基因所属Genefamily。成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deepsequencing信息，但还有试验证明(包括克隆、Northern以及Solexa测序等)和通过不同软件预测的靶标，并可通过链接查看。References部分列的主要是Pubmed中有关该miRNA文献的链接，这有利于用户对该miRNA进行全面了解。特定miRNA具体信息茎环序列Deepsequencing信息特定

5、miRNA具体信息成熟序列Deepsequencing信息特定miRNA具体信息参考文献miRNA靶标预测miRNA预测靶标的查询由Targetsdatabase负责，它主要针对动物miRNA靶标的查询。目前Targetsdatabase已更名为microCosm并托管于EBI。它运用的是miRanda算法，从多种物种基因组3’UTR信息中找出潜在的miRNA靶标。用户可以通过主页链接或直接进入MicroCosm(http：／／www．ebi．ac．uk／enright-srv／mlcrocosm／htdees／targets／v5)查询。另外，动物m

6、iRNA条目页也提供了TargetSean、PicTar、DIANA-microT等软件预测的靶标链接。数据下载数据下载FTP站点谢谢！惠州市第三人民医院神经内科黄志勇短暂性脑缺血发作的诊断与治疗因脑血管病变引起的短暂性、局限性脑功能缺失或视网膜功能障碍临床症状一般不超过1小时内缓解，最长不超过24小时不遗留神经功能缺损症状结构性影像学(CT、MRI)检查无责任病灶凡临床症状持续超过1小时且神经影像学检查有明确病灶者不宜称为TIA概述TIA的发病与动脉粥样硬化、动脉狭窄、心脏病、血液成分改变及血流动力学变化等多种病因及多种途径有关主要的发病机制有:血流

7、动力学说微栓子学说病因及发病机制各种原因(如动脉硬化和动脉炎等)所致的颈内动脉系统或椎-基底动脉系统的动脉严重狭窄—血压的急剧波动导致原来靠侧枝循环维持的脑区发生一过性缺血此型TIA的临床症状比较刻板，发作频度较高，每天或每周可有数次发作，每次发作持续时间多不超过10min1.血液动力学说病因及发病机制微栓子主要来源动脉粥样硬化的不稳定斑块附壁血栓的破碎脱落瓣膜性或非瓣膜性心源性栓子及胆固醇结晶2.微栓子学说病因及发病机制微栓子阻塞小动脉常导致其供血区域脑组织缺血，当栓子破碎或溶解移向远端时，血流恢复，症状缓解此型TIA的临床症状多变，发作频度不高，数

8、周或数月发作一次，每次发作持续时间较长，可达数十分钟至2小时病因及发病机制一般特点TIA好发于