癌胚抗原三维结构预测和构象分析

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1、实用生物信息技术课程第8次作业癌胚抗原三维结构预测和构象分析姓名________学号______________组号_____日期________年___月___日1.研究背景1)搜索网络信息资源，简述癌胚抗原的研究和应用背景。2)检索PubMed文献数据库，找出与癌胚抗原结构、功能及癌症相关的文献。3)查看UniProt/Swiss-Prot数据库中人癌胚抗原CEAM5_HUMAN序列注释信息和相关链接，说明该蛋白质分子的序列特征、功能、组织特异表达，以及可能的调控网络。2.序列分析1)检索Swiss-Prot数据库，找出癌胚抗原粘连蛋白分子不同亚型序列，根据注释信息，比较它们

2、序列和功能的异同。2)提取癌胚抗原粘连蛋白分子不同亚型序列N端可变结构域序列，进行多序列比对并构建系统发育树。3.结构分析1)从PDB数据库中下载癌胚抗原CEAM5_HUMAN分子N-端结构域二聚体晶体结构2QSQ，选取单体A链并保存为2QSQ_A；从PDB数据库中下载免疫球蛋白抗体分子高可变结构域二聚体1REI，选取单体A链并保存为1REI_A；比较1REI_A和2QSQ_A结构的相同和不同之处。2)抗体分子1REI_A单体有几个半胱氨酸残基？其alpha碳（CA）距离为多少埃？所形成的二硫键键长为多少埃？两个键角为多少度？有几个色氨酸？分子内部疏水区域还有哪些氨基酸残基？3)

3、根据文献（Batesetal,1992）图1序列比对，找出和1REI_A分子中2个半胱氨酸和1个色氨酸对应的3个残基，进行结构叠合，均方根误差（RMSD）为多少埃？4)2QSQ_A分子中与二硫键对应的一对氨基酸alpha碳（CA）之间的距离为多少埃？其侧链碳原子之间的最小距离为多少埃？5)2QSQ_A分子表面与抗体结合的可能区域包括哪几个回环？其长度分别为多少个氨基酸？4.利用SwissModel，对CEAM5_HUMAN第2个结构域（146-237）进行结构模拟。参阅相关文档（王吉龙，2008），说明蛋白质同源模建（HomologyModeling）的目的、原理、方法和结果分析

4、。5.结构分析和模拟的应用1)以本人研究课题相关蛋白质或该蛋白质在其它物种中的同源蛋白为例，利用Swiss-PDBViewer进行分析。2)选取本人研究课题相关蛋白质或其中的某个结构域，以Swiss-Model网站进行同源模建，分析所构建的模型。1