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《川芎根茎rna提取与转录数据的初步分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、川芎RNA的提取以及其转录组分析研究摘要川芎(LigusticumchuanxiongHort)为伞形科(Umbelliferae)藁本属多年生植物，四川省为其道地产区。干燥的川芎根茎,具有行气活血,祛风止痛之功效。其有药效的成为为川芎嗪和阿魏酸等，具有抑制细胞凋亡和肥大、清除氧自由基、减轻Ca2+超载、保护血管内皮细胞、扩张血管、调节免疫状态、抗血小板聚集和血栓形成和影响多种细胞因子的表达等作用。本文以川芎根茎为试材，提取RNA。评估RNA质量，富采mRNA，进行高通量测序，并对数据进行初步分析，获得川
2、芎次生代谢及生长发育的遗传学基础。该研究为进一步挖掘川芎次生代谢途径相关基因及酶类提供理论基础。关键词：川芎RNA提取转录组测序分析Abstract:LigusticumchuanxiongHort,producedmainlyinSichuanprovince,isaperennialherb.Itsdrystemsareusedformedicine,duetotheeffectssuchasactingbloodandkillingpain.Themaincomponentsareligustraz
3、ineandferulicacid,whichinhibitcellapoptosisandhypertrophy,eradicatefreeradicals,alleviateCa2+loading,protectsvascularendothelialcells,expandsvessels,moderateimmunesystem,prohibitplateletaggregationandaffecttheexpressionsofmultiplecellfactors.UsingChuanxio
4、ngrhizomeasspecimen,itsRNAisextractedandthequalityofRNAextractionisafterwardsevaluated,followingbyRNA-seqsoastoproceedtopreliminaryanalysiswithgathereddata,whichprovidesfundamentalinsightsintosecondarymetabolismaswellasgrowthanddevelopment.Keywords:Ligust
5、icumchuanxiongHort,RNAextraction,RNA-seq,analysis目录第一章绪论1.1川芎及其药性1.2RNA提取技术及电泳鉴定1.2.1植物RNA的提取原理和容易出现的问题1.2.2RNA的提取方法1.2.3RNA样品的质量检测1.3转录组及转录组测序技术1.3.1转录组简介1.3.2测序技术的进展1.3.3高通量测序和RNA-seq（转录组测序）1.3.4测序技术在植物转录组研究上的应用1.4基于RNA-seq的转录组生物信息学分析1.4.1测序评估1.4.2基因注释表
6、达1.4.3简单重复序列(SSR)标记分析1.5研究目的与内容1.5.1研究目的与意义1.5.2研究内容第二章川芎根茎RNA提取与质量评估2.1试验样品的选择2.2RNA提取2.2.1试剂2.2.2RNA提取操作方法2.3RNA质量评估2.3.1电泳方法2.3.2电泳结果分析第三章RNA测序与数据分析3.1测序数据处理3.1.1序列组装3.1.2Unigene数据库构建3.2简单重复序列分析(SSR)搜索及分析3.3利用COG数据库的基因功能分析第一章绪论1.1川芎及其药性川芎(Ligusticumchu
7、anxiongHort)为伞形科(Umbelliferae)的多年生植物，藁本属。其产地主要有四川、云南、贵州、广西、湖北等。川芎的别名有香果、京芎、马衔、芎藭、雀脑芎、贯芎等。川芎根茎干燥后可入药，能够活血行气，祛风止痛。川芎嗪和阿魏酸为其主要药效成分，能抑制细胞凋亡和细胞过度肥大、清除氧自由基、减轻Ca2+超载、保护血管内皮细胞、扩张血管、调节免疫状态、抗血小板聚集和血栓形成和影响多种细胞因子的表达等。另外，其根茎还有酚酸类和内酯类化合物，具有镇静、镇痛、抗氧化、保护心脑血管、抗菌、抗放射等多方面药理
8、活性。同时，近年来的研究成果揭示出含有川芎的复方制剂具有抗帕金森病活性的功效。鉴于此，针对川芎中有效成分的分离提取及结构鉴定的研究对于开发新型药物有积极的意义，这样能将其要用价值转化为商用价值。1.2RNA提取方法1.2.1植物RNA的提取原理和容易出现的问题植物细胞的RNA有细胞核RNA、细胞质RNA、和细胞器RNA。其中细胞核RNA主要为细胞质RNA的前体及小分子细胞核RNA(snRNA)、染色质RNA(chRNA)等。细
