生物信息学资料讲解.doc

《生物信息学资料讲解.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、精品好文档，推荐学习交流中国科学技术大学2007--2008学年第1学期考试试卷考试科目:生物信息学得分:__________学生所在系:___________姓名:__________学号:___________一、单项选择题(每题3分，共30分)1.下面哪个数据库不属于核酸的三大数据库之一?()A．GenBankB.EBIC.UniProtD.DDBJ2.下面哪种算法为双序列比对全局优化算法？()A.Smith-Waterman算法B.GibbsSamplerC.HiddenMarkovModel算法D.Needleman-Wunsch算法3.下面哪种工具为

2、多序列比对工具？()A.MegaBlastB.MEGA4.0C.GPSD.POA4.双序列比对中，全局与局部的优化算法，其核心思想是()A.利用已知数据作为训练集，利用迭代的算法进行反复计算，使得结果收敛；B.根据已知数据，构建PSSM矩阵，再计算Log-oddratio；C.采用动态规划算法，计算最优路径,并以此得到比对结果；D.采用邻接法构建进化树，在进化树的指导下进行双序列比对。5.下面何种描述适合Baum-Welch算法？()A.双序列比对的局部优化算法；B.Motif发现的方法之一C.对已知的训练数据，采用Viterbi算法计算最佳路径，并重新计算转移

3、概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型；D.对已知的训练数据，采用Smith-Waterman算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型；6.实验学家在大肠杆菌中发现某种基因A，具有重要的转录调控功能，通过ReciprocalBestHits的方法，实验学家用BLAST发现在人中基因B为基因A的高度相似基因。那么，人中基因A与基因B的关系为()A．旁系同源物B.趋同进化C.直系同源物D.异同源物仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢16精品好文档，推荐学习交流7.下面不属于多序列比对的算法有()A.最大

4、简约法B.渐进方法C.迭代方法D.部分有向图法8.下面基于氨基酸的替代模型并进行距离修整的模型有()A.Jukes-Cantor法B.Kimura两参数法C.泊松校正D.Nei-Gojobori法9.下面不属于构建进化树的方法有()A.最大似然性法B.最大简约法C．距离法D.点阵法10.已知密码子CCT,CCC,CCA,CCG都编码Pro(脯氨酸)，并且仅该四个密码子都编码Pro。对于密码子CCC，其潜在的同义位点数目s与非同义位点数目n为()A．s=1/3,n=8/3B.s=1,n=2C.s=1/4,n=11/4D.s=1,n=8/3二、判断题(每题2分，共2

5、0分)1.PAM250矩阵的构建，其基本假设为当序列变化发生期望上的250%的变化时，氨基酸之间替代的关系，因此，Dayhoff等人选择序列相似性极低的序列，以此构建了通用的PAM250矩阵()2.我们通常使用UniProt数据库来查找基因的DNA序列，并得到序列的FASTA格式()3.BLAST采用了一种称为“k-tup”的算法，搜索两条序列的对角线两边有限的空间，因此大大节省了计算时间()4.MUSCLE是目前被广泛应用的多序列比对工具，其优越性为采用部分有向图的算法，从而使得运算的时间复杂度大为降低()5.Ka/Ks为表征编码区DNA序列是否受到选择压力的

6、主要手段，对于某对基因A和B，我们通过计算发现Ka/Ks=3.6,并且通过Fisher’sExactText检验后，为统计显著，因此我们可以推测A和B在分化之后受到达尔文的阳性进化选择的压力()6.隐马尔科夫算法中的“隐”，指的是状态之间的转移概率已知，而状态内的发散概率未知，因此，隐马科夫并不表示所有的概率未知。()7.蛋白质上的模体/motif，一般指长度为几个到几十个氨基酸，并且不具有独立的三级结构的氨基酸片段。例如SUMO化位点的motif，一般可表示为：ψ-K-X-E.()仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢16精品好文档，推荐学习交流8.估算鸟

7、枪法的覆盖率，使用超几何分布的方法能够相当简便的结算出结果。()9.DNA突变的模式有四种：替代、插入、缺失和倒位。而DNA替代又分为转换和颠换两种。()10.中性进化是由Kimura最早提出，认为绝大多数的突变不好也不坏，并不决定物种的分化。受达尔文进化所调控的基因约为~1%，这些基因数量虽然很少，却对物种的分化起到了决定性的作用。()三、综合题(每题10分，共50分)1.表观遗传学的研究内容主要包括DNA的甲基化，组蛋白的乙酰化、甲基化及其它修饰，染色体重塑以及SiRNA与MiRNA调控四个方面。其中DNA的甲基化发生在基因组的特定位置，通常是-CG-序列中

8、的C上，C被化学修饰，引