《基因组学》概论

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1、第一讲《基因组学》概论生物化学与分子生物学教研室宋方洲fzsongcq@163.com023-68485958（O）2011.10日本九州大学博士，重庆医科大学二级教授、博士生导师，华中科技大学兼职博导，国务院政府特殊津贴获得者，省部级有突出贡献的中青年专家，教育部首批“高等学校骨干教师计划”项目获得者，国家自然科学基金项目同行评审专家，中国细胞生物学会理事，中华医学会医学细胞生物学分会委员，重庆市生物化学与分子生物学会副理事长，重庆市首届学术技术带头人，重庆市生物化学与分子生物学重点学科带头人，重庆市首批教授级科技咨询专

2、家,《Gene》《CancerBiol.Ther.》《MolecularandCellularEndocrinology》《中国生物化学与分子生物学学报》《医学分子生物学》等杂志审稿专家。自我介绍主要从事分子生物学、细胞生物学和遗传学的教学与研究工作，主持和承担国家自然科学基金及国家和省部级重点科研项目40余项，获省部级一等奖二项、二等奖一项，三等奖一项，获国家发明专利三项，先后在CancerBiol.Ther.、FoodChemistry、GenesCells、Gene、Mol.CellEndocrinol.和《中国科学

3、》等国内外著名杂志发表论文150余篇，主编和参编教材、专著多部，已指导博士后1名、博士和硕士研究生40余名，现指导在读、博士8名(1名印度博士留学生)、硕士12名。自我介绍主要研究方向：1.肿瘤的细胞与分子生物学；2.功能基因组学与蛋白质组学；3.基因工程药物与基因治疗。联系电话：023-68485958（O）电子信箱：fzsongcq@163.com自我介绍人类目前面临的现状与形势——一个沉重的话题地球怎么了？地球怎么了？地震暴雨干旱泥石流SARS禽流感猪链球菌甲流感超级细菌蜱虫——布尼亚病毒SARS病毒基因及蛋白系统分

4、析目的：分析比较SARS病毒与冠状病毒科中病毒基因和蛋白的同源性。方法：利用互联网、分子生物学软件对SARS病毒与冠状病毒科中病毒基因和蛋白同源性分析，构建蛋白进化树。结果：SARS病毒在某些区域基因序列与冠状病毒存在相当大的差异，具有自身比较保守的基因组序列结构。SARS病毒的三个结构蛋白(S、M和N)中与同科其他病毒存在很高的同源性；不同地域SARS病毒的基因序列存在差异。结论：SARS病毒不是其他冠状病毒的变异体，而是一种与冠状病毒类似，可能早已经独立存在，此前未被人类所认识的新病毒。郑州大学学报(医学版),2003

5、,38(3):338-341.SARS病毒的基因组研究概述对SARS-CoV的基因组特征、基因组序列、基因组变异,以及基因组编码蛋白作了综述,提示SARS-CoV基因组为无分段的单链正义RNA,存在极强的变异能力,其对应氨基酸序列也存在极多的变异点,探索了解SARS-CoV的致病机理怀化学院学报,2004,23(5):59-62广东人H5N1毒株PB2基因进化和特性结果:1997/200648株毒株PB2基因核苷酸序列同源性分成两组,1997/1998毒株为第一组(G1),2003/2006毒株为第二组(G2).PB2基因

6、错义置换导致101个氨基酸位点变异,占比例13.3%(101/759).PB2基因Ks值为39.4×10-6～63.4×10-6Nt/d,Ka值为3.36×10-6～5.11×10-6Nt/d;提示PB2基因进化主要受到自发突变影响.2003/2006毒株(包括毒株GD-01-06)仅保留一个糖基化位点(NPT301-303),丢失3个糖基化位点,可能影响蛋白致病性和抗原性.结论:目前PB2基因进化分成两组,主要受到除自发突变影响;PB2基因丢失3个糖基化位点可能影响蛋白致病性.人禽流感H5N1毒株PB2基因在自然界变异非

7、常频繁,不断变异将影响H5N1毒株在人-人传播能力和引发大流行.第四军医大学学报,2007,28(17):1547-15502009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymeraseB1,PB1)基因来自于人H3N2，其同源性为93.7%；聚合酶B2(polymeraseB2,PB2)和聚合酶A(polymeraseA,PA)与禽H5N1同源性较高，同源性分别为89.0%、89.9%；血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucl

8、eoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structuralprotein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高，同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%；神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高，同源性分别