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时间：2020-11-24
《纯水水溶液的径向分布函数和氢键统计.docx》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、模拟细节温度：300K水模型：tip3p盒子大小：4×4×4nm3水分子个数：2180时间：1ns步长：2fs长程静电：PME温度耦合：V-rescale压力耦合：Parrinello-Rahmanpbc:xyz邻区搜索：grid1、O-O径向分布函数统计2、O-H径向分布函数统计3、H-H径向分布函数统计4、扩散系数及计算采用Einstein法其几何解释是扩散系数为均方位移(MeanSquareDisplace-ment,简称MSD)对时间作图趋于无穷时斜率的1/6。式中,D为扩散系数,N为体系粒
2、子数,t为时间,ri(t)为t时刻i粒子的位置,ri(0)为0时刻i粒子的位置。MSD结果如下图：gromacs直接输出D值，即为水的扩散系数：D[Water]=5.6848(+/-0.0057)(1e-5cm^2/s)5、氢键的统计：（1）氢键随时间的分布，最后100ps（2）某一个氢原子形成的平均氢键数分布，最后100ps(2)、某一个水分子形成的平均氢键数分布，最后100ps统计氢键平均值为1.63，也就是说每一个水分子平均形成氢键数为1.63，为了加大数据的可靠性，所以增加了统计时间的区间，
3、时间增加到500-1000ps。统计氢键平均值为1.63，也就是说每一个水分子平均形成氢键数为1.67，数值基本相同。以500-100ps作为统计时间，统计结果如下图：6、模拟过程中势能随时间的变化势能在整个过程中基本保持平衡，势能变化很小，基本在1000以内，保持平衡。
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