准确快速计算含多肽酰胺和核酸碱基的氢键复合物的氢键强度和氢键作用势能曲线.pdf

《准确快速计算含多肽酰胺和核酸碱基的氢键复合物的氢键强度和氢键作用势能曲线.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、第24卷第6期化学进展Vo1．24NO．62012年6月PROGRESSINCHEMISTRYJun．2012准确快速计算含多肽酰胺和核酸碱基的氢键复合物的氢键强度和氢键作用势能曲线黄翠英李阳王长生一(辽宁师范大学化学化工学院大连116029)摘要N—H⋯·O—c、C—H⋯·O=C、N—H⋯·N和c—H⋯·N等氢键作用是蛋白质d．螺旋结构、B一折叠结构和DNA双螺旋结构形成的主要因素，在生物分子识别、蛋白质复制以及遗传信息传递等过程中起重要作用。准确快速计算生物体系中存在的N—H⋯·O—c、c—H⋯·O—c、N—H⋯．N和c—H⋯·N等氢键作用强度以及氢键强度随分子几

2、何结构(距离和角度)变化的势能曲线对正确模拟(从而正确认识和理解)蛋白质折叠机制和DNA双螺旋结构形成机制等生物过程意义重大，对设计合成具有特殊功能的生物分子材料有重要指导价值。本文主要介绍了近年来建立的偶极一偶极氢键作用模型及其在快速预测多肽一多肽分子间和核酸碱基一多肽分子间氢键作用强度和氢键作用势能曲线方面的应用。关键词蛋白质多肽核酸碱基偶极一偶极作用氢键强度氢键作用势能曲线结合能中图分类号：0641．3；Q71；Q74文献标识码：A文章编号：1005．281X(2012)06．1214—13AccurateandRapidCalculationoftheHydr

3、ogenBondStrengthsandHydrogenBondingPotentialEnergyCurvesfortheHydrogen-BondedComplexesContainingPeptideAmidesand／orNucleicAcidBasesHuangCuiyingLiYangWangChangsheng(SchoolofChemistryandChemicalEngineering，LiaoningNormalUniversity，Dalian116029，China)AbstractN—H⋯O—C、C—H⋯O—C、N—H⋯·NandC—H⋯Nh

4、ydrogenbondsarethemainfactorsfortheformationofprotein—helicesandB-sheetsandfortheformationofthedoublehelicesofthedeoxyribonucleicacid．Thesehydrogenbondsalsoplayimportantrolesintheprocessesoftheprotein—nucleicacidrecognition，intheprocessesoftheproteinreplication，andintheprocessesoftransc

5、riptionandexpressionofgeneticinformationfromDNAtoprotein．AccurateandrapiddeterminationofthestrengthsofthehydrogenbondsandtheirdynamicpropertiesinDNAandproteinsystemsisveryimportantforcorrectlysimulatingandthereforedeeplyunderstandingthemechanismofproteinfoldingprocessesandtheformationme

6、chanismofthedoublehelicesofthedeoxyrib0nucleicacidandfordesigningnewbiomolecularmaterialspossessingspecialfunction．Inthisreview，adipole-dipolehydrogenbondingmodelanditsapplicationstothehydrogen-bondedcomplexescontainingpeptideamidesand／ornucleicacidbasesareintroduced．Keywordsproteinpept

7、ide；nucleicacidbases；dipole—dipoleinteraction；hydrogenbondstrength；hydrogenbondingpotentialenergycurve；bindingenergy收稿：2011年11月，收修改稿：2012年3月国家自然科学基金项目(No．20973088，21173109)和教育部高等学校博士点基金项目(No．20102136110001)资助Correspondingauthore—mail：chwangcs@lnnu．edu．an第6期黄翠英等准确快速计算含多肽酰胺和核酸碱基的