2019freeroi 在功能磁共振roi分析中的应用ppt课件.ppt

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1、在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种根据解剖图谱确定ROI根据功能激活区确定ROI以确定坐标点为中心生成规则ROI前言打开一个terminal输入freeroi，键入回车，开启程序点击File->Openstandardvolume，打开一个结构像FreeROI使用方法FreeROI使用方法图像区：以不同的形式呈现图像在不同的图像显示形式间切换导入新volume；删除已载入的volume；新建空白volume；保存volume数据到文件；FreeROI使用方法改变volume的排列顺序；设置激活值阈限；设置volume

2、显示颜色；显示当前鼠标选择点坐标由脑结构图谱生成ROI载入HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz文件，显示颜色为rainbow。假设我们想针对特定脑区开展研究选中HarvardOxford模板点击工具栏ROItoolset一项，弹出对话框根据需要选择脑区，提取ROI由脑结构模板生成ROI基于当前的研究结果，我们还没有准确的找到大脑功能区和结构脑区之间的对应关系。同时，结构脑区的划分程度相对较粗，一个结构脑区中可能同时包含多个功能脑区。以上问题要求我们，要想获得更加精细的功能脑区，就需要根据功

3、能激活图，选取ROI。ROI的功能一致性利用FSL选取FFA通过手画ROI的操作，我们会发现过程中主要有两个问题画笔的大小不容易选取，很难准确的只把激活区画上；如果要画多个ROI，我们需要自己记住各个ROI的编号，画ROI时容易用错标记值。如何改进当前的工作流程基于激活图手画ROILabel配置表点击Newvolume，新建一个空白的数据选中新生成的数据在工具栏上选择voxeledit在labelconfigcenter中选择画笔的刷子大小在labelconfigcenter选择要标记成的label使用FreeROI手画ROI我们画完，可

4、能会发现画上的区域要比激活区大，很多未激活的区域也被划入了ROI。为了解决这个问题，我们加入了新的功能：将ROI与激活图取交集。选中我们画的ROI所在图像点击工具栏上intersection的图标，弹出对话框使用FreeROI手画ROI通过以上改进，手画ROI的工作流程得到了很大改善。为了进一步减少研究者的工作量，我们还开发出一套半自动化的ROI提取流程。半自动化提取fROI半自动化ROI提取流程激活图分割分割结果选择testdata，设置好激活值阈限（2.3），点击watershed图标（水滴图标）。利用FreeROI提取ROI使用分水

5、岭算法分割激活图在图像列表中，选中分割后的图像点击工具栏上的ROItoolset，弹出对话框在左侧边条中，labelconfigcenter的下拉框中选择face一项，在下面的列表中，选中r_pFus。之后，我们将选择分割后的区域，并将其标记为r_pFus.使用ROI工具提取ROI使用ROI工具提取ROI如果在标记时，发现选择了错误的label，可以通过ROIedit的功能对错误及时修正选中要修改的图像（R_FFA）在工具栏上选择ROIedit在labelconfigcenter选择要标记成的label如要删除某个ROI，则选择‘0Unk

6、nown’若要更改某个ROI的标记值，则选择要改成的label直接点击要修改的ROI，对其进行处理修改ROI的值在实际研究中，除了直接将激活区作为ROI提取出来这种研究方式外，还可能会以激活的峰值点为中心做一个规则的（小球或立方体）ROI。优点：相对手画ROI方法更加客观生成规则ROI这里，我们将前面提取的右侧FFA的peak点找到，并以它为中心，生成一个立方体的规则ROI。提取规则ROI从FFA的激活区中提取peak以FFA的peak为中心生成立方体将FFA的激活区从全脑激活图中提取出来选中激活图（testdata），点击工具栏上int

7、ersection图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的testdata_R_FFA中，只含有右侧FFA的激活区。提取FFA激活区选中激活图testdata_R_FFA，点击工具栏localmax图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。在生产的testdata_R_FFA_lmax数据中，只有FFA的peak点提取FFA的peak点选中testdata_R_FFA_lmax，点击工具栏RegualrROI图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的新数据中，是以右侧FFA的peak点为中心，以4个体素为边长的立

8、方体。提取规则ROIFacelocalizer利用ROI进行数据分析facesceneobjectscrambled选中之前获得的R_FFA的图像，点击保存按键，可将图像保存为nifti文件，