第二十五章基因结构分析的基本策略ppt课件.ppt

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2、学检索和比对分析壬慕振讽陶貌诞棕用赴洼意肥痛瓦阅岳磋斟溉泼愈蛮冰建嘱圾尹祁聪蝶播第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略就是在数据库中对基因序列或DNA序列进行比对分析，以其能够推测出其结构、功能及在进化上的联系.比对方法：1.双重比对2.多序列比对序列比对目的：判断两个或多个序列间是否具有足够的相似性从而判断二者之间是否具有同源性直接的数量关系进化上曾具有共同祖先基因或DNA序列比对诗红钡睡奠饶熙狗狸疫獭楚茂番儒毁火悸硕原宽蜗轿高囚沉称睫肮襟敝湃第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因

3、结构分析的基本策略序列比对的结果：取代插入缺失Mouse:GGKDSCQGDSGGPVVCNG----QLQGVVSWGDGCAQKNKPGVYTKVYNYVKWIKNTIAANCrayfish:GGKDSCQGDSGGPLAASDTGSTYLAGIVSWGYGCARPGYPGVYTEVSYHVDWIKANAV--缺失？保守序列保守序列：可能是共同进化的标志可能并不代表功能的重要性插入？当两个序列非常相似时，是否一定说明它们具有相似的功能？宁出求票益呼关省找匿生孽霓饺豫达毫拙澜蹭仅旅邓郎强招鳖握帽砾怒侯第二十五章基因

4、结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略NCBI数据库NCBI首先创建GenBank数据库于1991年开发了Entrez数据库检索系统，该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地结合在一起NCBI还提供了其他数据库，包括在线人类孟德尔遗传(OMIM）、三维蛋白结构的分子模型数据库（MMDB）、人类基因序列集成（UniGene）、人类基因组基因图谱（GMHG）、生物门类（Toxonomy）等数据库缮甚攘

5、擒蚂挎铆违辊凶促仙粕讯迎烦赊外醒懈探捕沥陈缆溯坚踏沙急哪涂第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略刹筹括瑰持异耪仔就杏劣愈这槽份吐棋雀辗挚迭歧仰猫戈绚懦萤辑鱼百攀第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略1.各种数据库的介绍(1)Nucleotide该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国HinxtonHall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三部分数据组成三个组织每天交换各自数据库中的新增序列实现数据共

6、享研鬼宙谦南刻赚矗庚狼秀心研侦礁加连钥诉赐蜂磨仙幢绑茫帆痊恬咨详魏第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略(2)Genome即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、重叠序列图谱以及一体化基因物理图谱(3)Structures即结构数据库或称分子模型数据库(MMDB)，包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据NCBI已经将结构数据交叉链接到书目信息、序列数据库和NCBI的Taxonomy中运用NCBI的3D结构浏览器和Cn3D，可以很容易地从Entrez获得分子的分子结构间相互作用的图像夫榜

7、鸽皆寅俯风乔块贤位究渺深诉饲指银拦值霹抖佑怔蛔并缀孽拟厩堆掖第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略(4)Taxonomy即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等(5)PopSet包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列PopSet既包含了核酸序列数据又包含了蛋白质序列数据喉爹虞赚兄疹淡聋亦奴冗类忘龄哉并锄吱例草区溉结文号畔卒融克个富父第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策略(7)文献数据库PubMed：生物

8、医药科学的检索系统OMIM：孟德尔遗传学数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库其他：书目，杂志，文章引用匹配等该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息镍筒仿启弱倪窿溅甫卵罢笨搅所习两厅郧兆扶演莹锅肚串睡锈跟尤扬售词第二十五章基因结构分析的基本策略第二十五章基因结构分析的基本策