生物信息学软件课件.ppt

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1、生物信息学软件JASPARConSiteTRANSFACrVista2.0MEMEWeblogPISCESCH-HITPSIPREDChEMBLDavid转录因子结合位点转录因子：能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作用元件,启动和调控基因表达转录因子结合位点：转录因子结合位点是转录因子调节基因表达时，与转录因子结合的区域JASPARJASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模体(motif)的最全面的公开的数据库,该数据库是由哥本哈根大学维护。JASPAR数据库中所包含的数据,都经过严格筛选,有

2、确切的实验依据,通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释(1) JASPARCORE(2)JASPARCNE(3)JASPARFAM(4)JASPARPBM(5)JASPARPBM_HLH(6)JASPARPBM_HOMEOJASPAR_CORE核心数据库TheJASPARCOREdatabasecontainsacurated,non-redundantsetofprofiles,derivedfrompublishedcollectionsofexperimentallydefinedtranscriptionfactorbindingsites

3、foreukaryotes.Theprimedifferencetosimilarresources(TRANSFAC,etc)consistoftheopendataaccess,non-redundancyandquality.JASPARCNEJASPARCNEisacollectionof233matrixprofilesByclusteringofoverrepresentedmotifsfromhumanconservednon-codingelements.Thebiochemicalandbiologicalroleofmostofthesepatt

4、ernsisstillunknown如何得到位置矩阵位置矩阵如何打分PhylogeneticfootprintingPhylogeneticfootprintingisatechniqueusedtoidentifytranscriptionfactorbindingsites(TFBS)withinanon-codingregionofDNAofinterestbycomparingittotheorthologoussequenceindifferentspecies.同源若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们同源(Homology)这里相同的祖先既可以指演化

5、论意义上的祖先，即两个结构由一个共同的祖先演化而来，也可以指发育意义上的祖先，即两个结构由胚胎时期的同一组织发育而来。直系同源与旁系同源如果两个基因有着几乎一样的DNA序列，那么它们很可能同源。同源序列可分为两种：直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。直系同源的序列因物种形成(speciation)而被区分开(separated)：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的。啮齿动物和人类旁系同源的序列因基因复制(geneduplication)而被区分开(separated)：若生物体中的某个基因

6、被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。肌红蛋白(myoglobin)和血红蛋白(hemoglobin)被认为是古老的旁系同源体ConSiteConSiteisauser-friendly,web-basedtoolforfindingcis-regulatoryelementsingenomicsequences.Predictionsarebasedontheintegrationofbindingsitepredictiongeneratedwithhigh-qualitytranscriptionfactormodelsandcross-speciesco

7、mparisonfilteringByincorporatingevolutionaryconstraints,selectivityisincreasedbyanorderofmagnitudeascomparedtosingle-sequenceanalysisTRANSFACTRANSFAC数据库是关于转录因子、结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。Match-1.0PublicMatchisaweightmatrix-bas