H＋逆转运蛋白基因IhNHX1的克隆及序列分析-论文.pdf

《H＋逆转运蛋白基因IhNHX1的克隆及序列分析-论文.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、植物资源与环境学报2014，23(2)：11—18JournalofPlantResourcesandEnvironment喜盐鸢尾Na+／H+逆转运蛋白基因IhNHX1的克隆及序列分析赵沿海，原海燕，顾春笋，黄苏珍①[江苏省·中国科学院植物研究所(南京中山植物园)江苏省植物迁地保护重点实验室，江苏南京2100147摘要：采用同源克隆和RACE法克隆获得喜盐鸢尾(IrishalophilaPal1．)Na／H逆转运蛋白基因IhNHX1的全长序列，该基因序列的全长为1946bp，包含1个长度为1611bp的开

2、放阅读框(ORF)，编码537个氨基酸。序列对比及系统树分析结果表明：IhNHX1基因编码的氨基酸序列与另外11种植物NHX1基因编码的氨基酸序列的一致性高达96．2％，相同序列占61．7％，表明该氨基酸序列保守性较高；在系统树上喜盐鸢尾与其他植物的分支长均大于1．2，表明它们的亲缘关系均较远；IhNHX1基因编码的氨基酸序列含有2个保守结构域，即氨氯吡嗪结合位点和CaM结合结构域，分别是NHX1蛋白的标志性结合位点和重要调节区域。该蛋白质的二级结构和跨膜结构域分析结果表明：在IhNHX1基因编码的蛋白质的

3、二级结构中，ot螺旋占48．60％、不规则卷曲占32．03％、延伸链占14．71％、氢键转角占4．66％；该蛋白质含有10个跨膜结构域。此外，对5RACE方法中5端正向引物的优化设计步骤进行了归纳，以提高PCR扩增的特异性。关键词：喜盐鸢尾；Na／H逆转运蛋白基因IhNHX1；基因克隆；序列分析；系统树；跨膜结构域中图分类号：Q943．2；Q785文献标志码：A文章编号：1674—7895(2014)02-0011—08DOI：10．3969／j．issn．1674—7895．2014．02．02Cloni

4、ngandsequenceanalysisofNa／HantiportergeneIhNHX1ofIrishalophilaZHAOYanhai，YUANHaiyan，GUChunsun，HUANGSuzhen①(JiangsuProvinceKeyLaboratoryforPlantEx—situConservation，InstituteofBotany，JiangsuProvinceandtheChineseAcademyofSciences，Nanjing210014，China)，PlantRes

5、our．&Environ．2014，23(2)：11-18Abstract：Throughhomology—basedcloningandRACE(rapidamplificationofcDNAends)methods，thewholesequenceofNa／Hantiportergene／hNHXlofIrishalophilaPal1．wascloned．Thewholelengthofthisgeneis1946bp，whichcontainsanopenreadingfragment(ORF)w

6、ithalengthofl6l1bpandencodes537aminoacids．Theresuhsofsequencecomparisonandphylogenetietreeanalysisshowthattheidentityofaminoacidsequencesencodedby／hNHxlgeneandbyNHxlgeneofotherelevenspeciesisupto96．2％．thesamesequenceaccountsfor61．7％，meaningthattheconservat

7、ionofthisaminoacidsequenceishigher．Thebranchlengthofhalophilaandotherspeciesinphylogenetictreeislargerthan1．2．indicatingthattheirgeneticrelationshipisfaraway．Therearetwoconserveddomainsinaminoacidsequenceencodedby／hNHxlgene．namelyammoniachloridepyrazinebin

8、dingsiteandCaMbindingdomain．whichisthetypicalbindingsiteandimportantregulationdomainofNHX1protein，respectively．Theanalysisresultsofthesecondstructureandtransmembranedomainofthisproteinshowthatinthesecondstruc