基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估-论文.pdf

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1、第l3卷第1期生物信息学Vo1．13No．12015年3月ChineseJournalofBioinformaticsMar．，2015doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2015．叭．07基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估刘伟。，黄伊子，李都悦。，向妍，周玮’(1．湖南农业大学植物保护学院植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙410128；2．湖南省烟草公司郴州市公司，湖南郴州423000；3．湖南农业大学湖南省生物农药与制剂加工工程技术研究中心，长沙410128)摘要：随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展，R

2、NA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键，因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件．先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测，进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示，RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。关键词：RNA二级结构；PDB数据库；二级结构预测；准确性中图分类号：Q74文献标志码：A文章编号：1672—5565(2015)一0卜035—05Evaluationofthre

3、eRNAseeonda~sIuclm~dictionsoflwaresbasedonPDBdatalmseLIUWei。HUANGYizi-一，LIDouvue．-，XIANGYan．一，ZHOUWeit，。(1．HunanProvincialKeyLaboratoryforBiologyandControlofPlantDiseasesandInsectPests，CollegeofPlantProtection，HunanAgriculturalUniversity，Changsha410128，China；2．ChenzhouCompanyofHu

4、nanTobaccoCompany，ChenzhouHunan423000．China：3．HunanProvincialEngineering&TechnologyResearchCenterforBiopesticideandFormulationProcessing，HunanAgriculturalUniversity，Changsha410128，China)Abstract：Withthedevelopmentofmolecularbiologyinthe21century，thepredictionofRNAsecondarystructu

5、rehasbecomeoneofthemostimportantcontentsinthefield．BecausetheaccuracyofRNAsecondarystructurepredictioniscrucial，itisveryimpo~anttolookforthesecondarystructurepredictiontoolwithhighprecisionandeasyoperation．Inthisarticle，threekindsofsecondarystructurepredictionsoftwareswereselecte

6、dtoevaluatetheirperformances．Firstly，wepredictedtheRNAsecondarystructuresof318RNAhairpinscollectedfromPDBdatabase，andthenevaluatedtheperformanceofthesoftwaresbycomparingthepredictedresultswiththeexperimentalones．ComparisonresultsshowedthatRNAstructurewassuperiortotheothertwokinds

7、ofsoftwaresinpredictingRNAsecondarystructure．Keywords：RNAsecondarystructures；PDBdatabase；Secondarystructureprediction；AccuracyRNA二级结构是指RNA分子在自然条件下盘Watson—Crick规则配对．即G和C配对，A和U配绕、卷曲借助碱基间的氢键相互连接形成部分碱基对。此外，在某些情况下也可形成G和U配对。配对和单链交替出现的茎环结构。RNA二级结构RNA的空间结构是识别RNA分子的重要依据和功中碱基互补配对形成的双螺旋区成为茎

8、区，而不形能研究的基础和前提。虽然实验手段是获取二级结成互补配对的单链形成环。茎