powermarker计算生态类群间遗传距离.doc

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1、生态类群间遗传距离是powermarker计算Keysteps:1.数据整理时要指定材料所属类群（必须有group列），要指定level-1，与level-2属性，文件导入即选择import，dataset，选择如下图格式的文件：linegrouptt324tt24tt66511243/243261/261306/30622260/260276/276306/30631260/260261/261306/30643243/243276/276306/30654260/260291/291306/

2、306选next，next，在datatype里面选择第一项Thisdatasetishaplotypedata，之后finish。2.数据导入成功后，点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择computefrequence,在弹出的对话框中点击数据文件名（比如为：”*”）后，注意选择右侧相应的计算水平level-2，点击submit。3.点击窗口顶部“Analysis”，在Phylogene后拉框中选择“FrequenceBasedDistance”,在弹出的对话框中

3、点击数据文件名（*）后，注意选择右侧距离计算方法，注意选择右侧相应的计算水平level-2，最后点击submit，此时distance文件夹里会出现“*.shareallele”的类群间距离表。4.点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择“UPGMA/NJtree”,在弹出的对话框中点击数据文件名“*.shareallele”后，注意选择右侧聚类模型，最后点击submit。5.点击窗口顶部“Data”,选择Batchexport,弹出的对话框中点击以NJ或upgma结尾

4、的数据文件名，选择输出文件保存路径，再点击submit。6.用Figtree软件打开输出树形图文件进行编辑，即可得到类群间聚类图。