ChIP-Seq概述及技术路线.doc

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1、ChIP-Seq概述及技术路线概述染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条

2、序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。技术路线1．实验流程（Solexa）2.生物信息分析流程示意图研究内容1．测序对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇（Clustergeneration）扩增、高通量测序。2．基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Basecalling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。3.高级数据分析标准高级数据分析内容包括：（1）ChI

3、P-Seq序列与参考序列比对；（2）Peakcalling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；（3）统计样品Uniquelymappedreads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；（4）给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释；（5）在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。技术特点应用领域由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；（2）检测RNApolymeraseII及其它反式因子

4、在基因组上结合位点的精确定位；（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；（4）CTCF转录因子研究。