chip-seq概述及技术路线

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1、ChIP-Seq概述及技术路线概述染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）也称结合位点分析法，是研宂体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录W子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研宄。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIPSeq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集H的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行商通S测序。研

2、宂人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基上，从而获得全基W组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。技术路线1.实验流程（Solexa）CHIP-SeqDNA文库CHIP-SeqDNAlibray2.生物信息分析流程示意图研究内容1.测序对客户提供的ChIP样品(如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的)进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、1〕NA成簇(Clustergeneration)扩增、高通最测序。2.基木数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别(Basecalling),去除污染及接头序列；统计结果包括

3、：测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。3.高级数据分析标准高级数据分析内容包括：(1)ChIP-Seq序列与参考序列比对；(2)Peakcalling:统计样品Peak信(峰检测及计数、平均峰K：度、峰长中位数)；(3)统计样品Uniquelymappedreads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;(4)给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释；(5)在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。技术特点ChIP-on-chipChIP-Seq颁率30~100bplbp甩琺范囲受芯片容置限制，只能选择

4、性地扫描特定区域，无法播廉全基因组只翻定的序列＜Reads)能够定位割基因组上，就能获得全部基因组倍患娜舶5数齡有一斟K含置供向性价比只能研究在基因组上广泛存在的目的位点(Broadbinding)可以13描全基因组；可以研究在基因组上存在的摘有目的位点(Sharpbinding)需番的ONA量

5、j#低（10~S0ng>动态量程弱倍号会被丢弃；强倍号会饱和没有局限选择数据产出量柯以可以应用领域由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研宂者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研宂者可以在以下儿方面展开研宂：(1)判断DNA链的

6、某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；(2)检测RNApolymeraseII及某它反式W子在基W组上结☆位点的精确定位；(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；(4)CTCF转录因子研宂。