BGI 动物案例研讨班课件：8-3_转录组研究思路·.pdf

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1、转录组研究思路转录组研究思路转录组研究思路转录组研究思路华大基因2012.07内容提要内容提要1.前沿1.1测序技术日新月异1.2新一代测序技术2.SmallRNA2.1smallRNA介绍2.2应用案例3.Non-coding3.1ncRNA介绍3.2ncRNA分析思路4.mRNA4.1mRNA介绍4.1.1转录组介绍4.1.2表达谱介绍4.2应用案例25.综合研究策略内容提要内容提要1.前沿1.1测序技术日新月异1.2新一代测序技术2.SmallRNA2.1smallRNA介绍2.2应用案例3.Non-coding3.1ncRNA介绍3.2ncRNA分析思路4.mRNA4.1m

2、RNA介绍4.1.1转录组介绍4.1.2表达谱介绍4.2应用案例35.综合研究策略Singlemoleculerealtime(SMRT)HeliscopePCR3700(1983)(1998)NanoporeDNA双螺遗传密码荧光ddNTP旋(1966)第一台商用Iontorrent(1953)全自动测序PMG中心法则仪（1958）(1987)20102011195019601970198019902000SolidSystem(2007)毛细管电泳化学降解DNA是Sequencer和Sanger遗传物质(1996)Illumina(1977)(1952)(2006)第一台自动4

3、54DNA重组技术测序仪(2005)(1974)(1986)4一代测序仪二代测序仪三代测序仪质谱仪5YingruiLi&JunWang.Fasterhumangenomesequencing2009volume27number9naturebiotechnology6内容提要内容提要1.前沿1.1测序技术日新月异1.2新一代测序技术2.SmallRNA2.1smallRNA介绍2.2应用案例3.Non-coding3.1ncRNA介绍3.2ncRNA分析思路4.mRNA4.1mRNA介绍4.1.1转录组介绍4.1.2表达谱介绍4.2应用案例75.综合研究策略SmallRNASmal

4、lRNASmallRNA包含miRNA，siRNA，piRNA，snRNA，tRNA等，是一类短片段的ncRNA的集合，smallRNA的长度范围一般在18-30nt之间，如miRNA集中在21或22nt，siRNA集中在24nt，piRNA集中在30nt。小分子RNA是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。8SmallRNASmallRNA建库和测序流程建库和测序流程9SmallRNASmallRNA分析分析�sRNA分类、注释�主要分析miRNA一miRNA预测一miRNA差异表达一靶基因预测10内容提要内容提要1

5、.前沿1.1测序技术日新月异1.2新一代测序技术2.SmallRNA2.1smallRNA介绍2.2应用案例3.Non-coding3.1ncRNA介绍3.2ncRNA分析思路4.mRNA4.1mRNA介绍4.1.1转录组介绍4.1.2表达谱介绍4.2应用案例115.综合研究策略细胞系细胞系MicroRNAMicroRNA测序测序2010年11月雄激素依赖性和非依赖性前列腺癌细胞系SmallRNA的深度测序分析12研究背景前列腺癌是男性泌尿生殖系常见的恶性肿瘤之一,大多数前列腺癌的治疗一开始均依赖于雄激素的刺激，当患者在临床采用雄激素阻断治疗一段时期后，将发展成雄激素非依赖性前列腺

6、癌,无法采用原方法进行治疗。研究材料1、雄激素依赖前列腺癌细胞系LNCaP2、雄激素非依赖性前列腺癌细胞系LNCaP-AI研究方法1、对两株细胞系分别进行miRNA测序：LNCaPrawreads9.1Mcleanreads3.97MLNCaP-AIrawreads10Mcleanreads4.73M2、RT-PCR验证13研究结果1、LNCaP含有360种miRNA，LNCaP-AI含有380miRNAs（使用miRBase数据库）。2、发现了43个新的miRNA，其中3个是雄激素非依赖性前列腺癌所特有。3、83个miRNA是显著差异表达的，其中有41个上调和42个下调。这些mi

7、RNA可能与前列腺癌由雄激素依赖性过渡到非依赖性相关。14内容提要内容提要1.前沿1.1测序技术日新月异1.2新一代测序技术2.SmallRNA2.1smallRNA介绍2.2应用案例3.Non-coding3.1ncRNA介绍3.2ncRNA分析思路4.mRNA4.1mRNA介绍4.1.1转录组介绍4.1.2表达谱介绍4.2应用案例155.综合研究策略ncRNAncRNA介绍介绍定义：指没有编码蛋白质功能的所有RNA，狭义ncRNA指smallRNA。作用：�影响染