动物育种学7-2近交系数和亲缘系数的计算.pdf

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1、2014/11/21近交系数和亲缘系数的计算F(1/2)n1n21(1F)根据此公式，XA进行计算•区别与联系(1/2)n1n2(1F)A近交系数：一个个体的两个配子同源相同rXY（identicalbydescent,IBD）的概率。1F1FXYP(ab)亲缘系数(relationshipcoefficient)：两个有1亲缘关系的个体间的加性基因效应间的相FXrsd1Fs1Fd关。2rCov(As,Ad)2FXSDrSDAsAd1FS1FD通径法两个个体间的加性遗传相关(additivegeneticrelationship):是指在它们

2、的基因（1）近交系数的计算公式：n1n21组中具有同源相同基因的比例，或者说从FX(1/2)(1FA)个体x的基因组中随机抽取的一个基因在个体y的基因组中也存在的概率。用aXY表FX为个体X的近交系数；示1P(ac)P(ad)P(bc)P(bd)n1为由该个体的父亲到共同祖先A的世代数；2aXY即亲缘n1n2系数的分子n2为由其母亲到A的世代数；(1/2)(1FA)F是共同祖先A的近交系数；rAXY1FX1FYΣ则表示当个体的父亲和母亲有多个途径造成1亲缘相关时,则要对由所有途径所造成的近FaX2XSXD交求和。4（2）近交系数的计算（2）近

3、交系数的计算BEHBEHXCIXCIADGADG首先，找出A、B的共同祖先：确定共同祖先的近交系数：I、G、E显然I、G的近交系数为0，而FE=0.53=0.125。2014/11/2152014/11/21612014/11/21（2）近交系数的计算•最后，将各通径链的系数累加即得X的近交系数。BEH共同祖先的通径链通径链n+n+1XCI近交系数12的系数AD1(1)4(11)GB←E→C→AFE84281141B←E→D→AFE4()(1)确定连接A和B的通径链:828B←E←G→D→AF=0515G()B←E→C→A2B←E←H←I→G→(1)7B←E→D→AFI=07

4、2D→AB←E←G→D→AF=23/128B←E←H←I→G→D→AX2014/11/2178实际中用以下公式计算一、列表计算个体的近交系数个体的近交系数及个体间的亲缘系数aXX1FXBEHXCI1axy=ayx=(axys+axyd)ADG2步骤：1.将系谱中的个体按世代分别从左至右、从Fa1XXX上到下排列起来（世代高者在前，同一世代，先出生者在前）；2.将各个体的父母标在各个体的上方；个体间的加性遗传相关（a）3.依据下列公式依次计算两两间的加性遗传相关。IIHGEGEECDAB1IHGEDCBAXaXX=1+FXFX=aXXI11/21/21/21/21/41/43/

5、85/16sd2H11/45/87/165/165/163/811/321a=a=(a+a)G15/813/165/165/169/167/16xyyx2xysxydE9/87/89/169/1623/3241/64D21/167/167/167/821/324.最后根据下列公式分别计算各个个体的近交系数；C19/3223/321/2和两两间的亲缘系数。B123/6487/128aXYA39/32101/128rFa1XYX151/128XXXaaXXYY11232315123F=a=×=或F=a1=1=XABXXX226412812812822014/11/21二、群体的近交

6、系数2.小群体计算每个个体的近交系数，求算数平均数。1.规则近交3.大群体随机抽取一定的样本，然后逐个计算近交系数，取平均值；对有完整系谱记录的群体—计算机计算所有个体的近交系数3.闭锁群长期不引进种畜的随机交配的群体111F+2N8N8NEsdFt=1-(1-ΔF)tΔF为近交系数每代增量NS为每代参加配种的公畜数；ND为每代参加配种的母畜数；t为世代数；Ft为第t代的近交系数。3