蛋白结构解析流程概要.doc

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1、结构解析和修正流程以下是我总结的晶体结构解析方法：I分子置换法使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。用到的软件及程序：HKL2000,CCP4,COOT,Phenix,CNS,解析过程：收集数据（X-RAY）-->hkl2000处理数据-->置换前数据处理分子置换（ccp4 MolecularReplacement--MR）-->COOT手工修正，氨基酸序列调换-->phenixrefine--coot手工修正phenixrefine。。。__拉氏构象图上outlier为

2、0为之，且R-free，R-work达到足够低的值。-->phenix 加水refine（溶剂平滑）。。。（若修正过程中有bias最好也用CNS修正一下）II同晶置换法--硒代蛋白使用condition：目标蛋白没有同源结构。 用到的软件及程序：HKL2000,CCP4,COOT,Phenix,CNS,解析过程：收集数据（X-ray硒代蛋白及母体蛋白）-->hkl2000处理数据-->ccp4程序包搜索搜索硒信号（gap），相位确定-->搭模--->以硒代数据得到的pdb为模型和母体高分辨数据得到的mt

3、z进行分子置换-->后面修正过程与分子置换相似。 各步骤介绍： I.hkl2000：将x-ray收集的图像编译转化为数字信息，得到的关键文件有.sca和.log，log文件会给出hkl2000处理的过程记录，sca文件是最终处理的输出文件。sca文件包含晶体的空间群等信息。带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000处理是否成功的参数有数据完整度，最高分辨率等，一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。分子置换前处理：ccp4软件包a.datareduction，即将sca文件转换为m

4、tz文件。用importedintegrateddata。 b.cellcontentanalysis这个是晶体中蛋白聚集体数的分析，通过分析晶体含水量得到一个晶胞内的蛋白分子数。用mtz文件进行。含水量在40%-60%之间时对应得n即为正确值。这个聚集体数会在mr中使用。 II.model选取：进行分子置换的model为已知的同源蛋白结构或硒代得到的pdb，对model的要求是越接近球形越好。一般用单体。从pdb库中下载了pdb后可以用vim编辑，选取自己想要的那一段做model。 III.分子置换：

5、ccp4软件包  MR以选取好的model.pdb为模板，对mtz文件进行分子置换，这时要修改的程序参数为在晶体中寻找的model的个数，及分子量，model的个数通过N值来计算，如果model为单体的话，model个数即为n值。MR之后会得到一个pdb，一个mtz（电子密度图）。IV.修正：COOT修正：在coot中同时打开pdb和mtz，手工用命令将pdb残基突变为自己氨基酸的序列，并将氨基酸残基放入密度中。phenix修正：命令phenix.refineprotein.scaprotein.pdb

6、修正完成后会得到一个protein—refine.pdb,一个protein_refine.coeff.mtz,一个data.mtz。其中pdb文件即为目标pdb，coeff.mtz为相应的电子密度图，data.mtz在第二轮coot手工修正后再phenix的时候代替sca的位置。phenix加水溶剂平滑修正对于结构质量的评价标准：拉氏构象图：outlier的数量要为0~（coot中看到）R-work和R-free的值，越低越好~（这个参数可以在phenix之后的.sol文件中看到）总结：HKL2000

7、-->.sca-->datareduction-->.mtz-->cellcontentanalysis(n)-->MR-->.pdb,.mtz-->cootmutation-->phenix1（--pickoutgoodchain-->MR2 -->phenix2）-->coot-->phenix......(CNS)......phenix+water.....*（）中是我根据自己的修正加上去的，仅供参考硒代相位的确定以后再补吧~太长了