资源描述：
《WinBUGS软件应用_孟海英.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、中国卫生统计2006年8月第23卷第4期·375··计算机应用·＊WinBUGS软件应用122孟海英刘桂芬罗天娥WinBUGS(BayesianInferenceUsingGibbsSampl“sum”等或一般的运算符号表示。ing)是英国剑桥公共卫生研究所的MRCBiostatistics另外可用WinBUGS软件进行图表建模,如下所示:Unit推出的用马尔可夫链—蒙特卡罗(MarkovchainMonteCarlo,MCMC)方法进行贝叶斯推断的专用软件包。它可方便地对许多常用或复杂模型(如分层模型,交叉设计模型、空间和时间作为随机效应的一般线性混合模型,潜变量模型,脆弱模型,
2、应变量的测量误差,协变量,截尾数据,限制性估计,缺失值问题)和分布进行Gibbs抽样,还可用简单的有向图模型(directedgraphicalmodel)进行直观的描述,并给出参数的Gibbs图1有向图模型结构示意图抽样动态图,用Smoothing方法得到后验分布的核密图1中每个椭圆形饼状物表示一个结点,有两种度估计图、抽样值的自相关图及均数和置信区间的变类型:随机结点(stochasticnode)和逻辑结点(logical化图等,使抽样结果更直观、可靠。Gibbs抽样收敛node),见图形上方type选项。结点间以实箭头或空后,可很方便地得到参数后验分布的均数、标准差、箭头相
3、连,实箭头表示结点间的随机关系,空箭头表示95%置信区间和中位数等信息。结点间的逻辑关系,箭头指向的结点为父结点,箭头出这里介绍WinBUGS软件的基本使用方法。首先发的结点为子结点。图中方框形平板表示循环结构,从网上下载WinBUGS软件,安装后即可打开软件主每个板的左下角用“for”语句表明循环变量及循环次界面,点击file-new,即可根据研究内容创建模型,模数。由图可以看出各结点间的层次关系,每个平板表型格式如下:示一个循环,各板的公共部分表示多重循环,只在一个model板中为单重循环,板外的为非循环结点。WinBUGS软{件建模后,需构建其相应的数据结构:for(jin1
4、:Trt){list(y=structure(.Data=c(34,34,29,10,5,0,alpha.Trt[j]～dnorm(0.0,1.0E-4)12,10,2,8,3,5,12,7,4,10,8,0,11,10,…,8,1,}19,13,5,19,12,5,17,17,13,12,4,0,13,10,7,d·Trt<-alpha.Trt[1]-alpha.Trt[2]17,14,4),….Dim=c(5,2,3,20)),Cent=5,Trt=2,time=Trt.bar<-mean(Trt[])3,n=20,)}具体的数据结构应与模型结构相对应,上例数据model为模型
5、指示语,由{}括起来的语句为模型为多维数据矩阵结构。的具体内容,for语句表示循环语句,括号内为循环变其中“list”为数据结构标识语,用粗体表示的为结量及循环次数。每个循环语句同样要用{}括起来才完构语,斜体表示的为变量名。初始值可人为设定,但设整。“～”表示随机变量的分布,左边为变量,右边为分定要恰当,也可通过软件自动产生初始值。布,dnorm表示服从正态分布,括号内为该分布的两个编写好WinBUGS程序或建立图表模型,创建好参数。“<-”表示变量间的逻辑函数关系,其左右符数据结构,设定初始值后(图2),即可进行Bayes分析。号含义同“～”。逻辑关系可用逻辑函数如“mean”
6、,如图2,双击程序中model,然后点击菜单model※specification,出现图3的对话框;点击checkmodel,若＊:山西省自然科学基金资助(20051091)程序或模型结构图无误,工具条loaddata和compile1.北京市朝阳区疾病预防控制中心变亮,提示可以下载数据并对数据进行编译。2.山西医科大学卫生统计教研室(030001)·376·ChineseJournalofHealthStatistics,Aug2006,Vol.23,No.4图2模型指定分析示意图定迭代次数,更新次数等。经过充分的迭代,收敛后可得各参数估计量(图8)。图3模型检查图6Gibbs
7、抽样迭代图4数据下载与编译双击数据标识语list进行数据下载(loaddate)和编译(compile),图4,随即loadinits或geninits被激活,下载或产生初始值后,即可进行Gibbs抽样,双击图7参数设定model※updates,进入图6界面。图5初始值激活状态进行Gibbs抽样迭代之前,需设定各参数,点击菜图8获取迭代结果单inference※samples出现图7界面,点击set各参数迭代收敛性可通过迭代轨迹(trace)、迭代历史进行设定。设定
