细菌分类鉴定规程.doc

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1、.细菌分类鉴定规程细菌分类鉴定规程杜艳、余翔、罗国升新菌鉴定主要流程：1、 潜在新菌的确定拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。2、 选择标准菌株构建进化树选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所

2、选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。3、 购买标准菌株根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在.bacterio.cict.fr/ 上查找。标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式

3、种，并且要选择模式种的模式菌株。2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。总之，进行种、属、甚至是科的 比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。4、 表型特征实验培养特征：菌落特征 (如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。Word资料.细胞形态：形态 (球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链

4、或其他特殊排列方式)。特殊的细胞结构：鞭毛 (着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。超微结构：细胞壁、细胞膜系统、放线菌抱子表面特征等。细胞含物：异染颗粒、聚β-羟基丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴胞晶体等。染色反应：革兰氏染色、抗酸性染色。运动性：鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式，注意区别鞭毛泳动和滑动。生长特征：生长温度、pH、盐耐受性围。5、 生理生化试验营养类型：光能自

5、养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型；对氮源的利用能力：对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用；对碳源的利用能力：对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用；对生长因子的需要：对特殊维生素、氨基酸等的依赖性；需氧性：好氧、微好氧、厌氧、兼性厌氧；对温度及pH的适应性：最适、最低及最高生长温度及致死温度；对渗透压的适应性：对盐浓度的耐受性或嗜盐性；对抗生素及抑菌剂的敏感性：对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或某些染料的敏感性；代产物：各种特征性代产物；与宿主的关系：共生、寄生、

6、致病性等。6、 化学分类特征目前经常使用的特异性细胞化学特性包括：细胞壁化学组分、枝菌酸、脂肪酸、磷酸类脂、甲基萘醌、全细胞蛋白及核糖体蛋白电泳分析等。其分析技术涉及光谱、色谱、生物化学及分子遗传学的分析技术。Word资料.常用的化学分类指标鉴定指标方   法举   例细胞壁的化学成分薄板层析真细菌含壁酸和肽聚糖；古菌类型变化，无壁酸枝菌酸薄层层析，气质联用诺卡氏菌形放线菌磷酸类脂硅胶薄板层析放线菌等脂肪酸组分毛细管气相色谱芽胞杆菌等全细胞蛋白SDS一聚丙烯酞胺凝胶电泳根瘤菌核糖体蛋白双向凝胶电泳放线菌同

7、工酶多位点酶电泳热带根瘤菌1) 细胞壁组分分析：细胞壁氨基酸组分可用于属的区分，而糖组分则可用于种的区分。2) 脂肪酸组分分析脂类是细胞膜的主要组分。在原核生物中，细菌具有酰基脂(酯键连接)，最常见的是磷脂和甘油脂。在某些放线菌和棒杆菌中有特异的磷脂，即磷脂酸肌醇甘露糖苷。鞘磷脂则发现于某些革兰氏阴性菌，如拟杆菌。古菌具有醚脂(醚键连接)。某些特殊组分只在特定的细菌中存在，如多不饱和脂肪酸是蓝细菌的特征组分，甲基化的分枝脂肪酸为革兰氏阳性菌所特有，羟基化脂肪酸为革兰氏阴性菌的特征。3) 异戊二烯醌型分析三

8、大类即泛醌(Q)、甲基萘醌(MK)和酰甲基萘醌，类异戊二烯的数目和侧链的双氢键表明了醌的种类。异戊二烯醌的分析方法有两种，色谱法和物理化学法。分类意义主要在于某类组分的有无。多数严格好氧的革兰氏阴性菌仅产泛醌，兼性厌氧的革兰氏阴性菌则不定，而多数好氧和兼性厌氧的革兰氏阳性菌仅产甲基萘醌。7、 基因型特征1) 16S rRNA同源性分析原核生物的rRNA分为3种，分别为5S rRNA (约120bp)、16S rRNA (约15