目的基因的PCR扩增及其扩增产物的鉴定.pdf

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1、目的基因的目的基因的PPCRCR扩增扩增及其扩增产物的鉴定分析及其扩增产物的鉴定分析生物秀-专心做生物www.bbioo.com此实验共包括如下六个部分1.第一部分，目的基因选择2.第二部分，PCR引物设计3.第三部分，PCR实验操作专心做生物-4.第四部分，PCR产物电泳鉴定生物秀www.bbioo.com5.第五部分，PCR产物测序鉴定6.第六部分，目的基因序列变异分析生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.com第一部分，目的基因选择候选基因简介Ø在本实验中，有三个候选基因，

2、分别是NGAL，Fascin和Ezrin。Ø这三个基因在食管癌及其他多种肿瘤中呈过表达，说明它们在肿瘤的发生发展中起重要的生物学作用。专心做生物-Ø汕头大学医学院生物化学与分子生物学教研室李恩民课题组曾对这三个基因进行了深入研究，在国外生物秀杂志上发表SCI收录研究论文20余篇，已形成系列优势。www.bbioo.comØ同学们可查阅相关资料，选择感兴趣的基因来做PCR实验。生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.comNGAL基因ØNGAL（neutrophilgelatinas

3、e-associatedlipocalin）即中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白，是脂质运载蛋白（lipocalin)家族的一个成员。ØNGAL基因的蛋白产物具有保护调节基质金属蛋白酶-9的活性，作为小分子铁配合物结合蛋白参与机体铁代谢和天然免疫反应等功能。另外，NGAL作为一种早期标志物还可专心做生物-以帮助判定缺血性肾损伤程度。ØNGAL的mRNA信息在生物秀NCBI核酸数据库中有来自不同实验室登记的多个版本，包含完www.bbioo.com整编码区的有BC033089和NM_005564等，编码区长为597bp，编码198个氨基酸，包含了N

4、端前部长为20个氨基酸的信号肽序列（为核酸序列的1-60bp）。生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.comNGAL核酸编码区序列及其相应的蛋白序列：前20个AA为信号肽序列专心做生物-生物秀www.bbioo.com生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.com2001年汕头大学医学院生物化学与分子生物学教研室李恩民课题组以永生化食管上皮细胞系SHEE和食管癌细胞系SHEEC互为对照，用cDNA微列阵进行筛选，用R

5、NA印迹和RT-PCR进行鉴定，cDNA克隆测序后与GenBank进行BLAST分析比较。结果表明NGAL基因在SHEEC中出现显著差异过表达，其cDNA序列与小鼠24p3、大鼠NRL(neu-relatedlipocalin)和人中性粒细胞NGAL具有较高的相似性。这提示NGAL基因在永生化食管上皮细胞恶性转化中可能发挥着重要作用，可能是一种新的癌基因或促癌基因。ABCA专心做生物-B生物秀www.bbioo.com利用cDNA芯片筛选两种细胞的差异表达基因反转录PCR检测NGAL在两种细胞的mRNA水平A.永生化食管上皮细胞系SHEEA.永

6、生化食管上皮细胞系SHEEB.食管癌细胞系SHEECB.食管癌细胞系SHEECC.100bpDNAmarker生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.comFascin基因ØFascin蛋白的mRNA全长为2767bp，由5‘端非翻译区111bp碱基，3’端非翻译区1174bp碱基，1482bp的全编码序列区和6个PloyA信号肽组成，编码493个氨基酸，分子量约为55kD。ØFascin蛋白定位于细胞质张力纤维和细胞膜皱褶(ruffles)，边缘的丝状伪足(filopodia)、

7、微棘(microspikes)的核心肌动蛋白束中。专心做生物-Ø以往研究发现，Fascin基因在许多上皮来源的肿瘤细胞系，如宫颈癌Hela、胃癌AGS、生物秀大肠癌LM1215和SW480、胰腺www癌BxPC3.bb和T3H4ioo等细胞系.com中均上调表达。Ø细胞的丝状伪足和微棘与细胞的运动，癌细胞的转移有密切关系，提示Fascin蛋白可能在细胞迁移、细胞粘附以及细胞间信息交流等过程中发挥作用。生物秀论坛-学术交流、资源共享与互助社区bbs.bbioo.com生物秀-专心做生物www.bbioo.comFascin基因的编码区序列ATGA

8、CCGCCAACGGCACAGCCGAGGCGGTGCAGATCCAGTTCGGCCTCATCAACTGCGGCAACAAGTACCTGACGGCCG