计算材料学讲稿-6.doc

《计算材料学讲稿-6.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、第一次课绘制简单分子一、画一个苯酰胺目的：介绍MaterialsVisualizer中画结构的工具。用到的模块：MaterialsVisualizer化学家每天都要处理很多种类的小分子和中间物。所以容易的创建模型对建模环境都是很重要的。苯酰胺是典型的小分子结构。以下通过建立他的结构来学习MaterialsStudio。下面是要建立的苯酰胺的结构：Benzamide1.创建3D文档：从菜单中选择File

2、New...打开NewDocument对话框。选择3DAtomisticDocument（三维原子文档），按OK。建立了一个三维窗口

3、，工程管理器中显示建立了名为3DAtomisticDocument.xsd的文件。在工程管理器这个文件名上右击鼠标，选择Rename改名。键入my_benzamide的新名字，按回车。选择File

4、Save命令，或按标准工具条中的按钮。在myquickstart文件夹（每个工程都对应一个同名的文件夹）中建立了名为my_benzamide.xsd的文件。2.改变到BallandStick球棍模型显示方式。三维窗口中右击鼠标，选择DisplayStyle，打开DisplayStyle对话框，在Atom选项卡上设置。MaterialsSt

5、udio能在任何显示方式下添加原子。3.画环和原子链。在草画工具条上单击SketchRing按钮，鼠标移到三维窗口。鼠标变为铅笔行状提示你处于草画模式。鼠标榜的数字表示将要画的环包括的原子数目。可以通过按3-8的数字键改变。确保这个数字为6，三维窗口中单击。画出了一个6个C原子的环。如果安装ALT键单击，产生共振键。现在单击草画工具条SketchAtom按钮，这是通用添加原子工具，可加入任何元素，默认加入C原子。如下在环上加入两个C原子。在环上移动鼠标，当一个原子变为绿色时单击，键的一端就在这个原子上，移动鼠标再单击就加入了一个C原

6、子，再移动，并双击。这样在环上加入了两个原子。另一种结束添加原子的方法是在最后一个原子位置单击，然后按ESC键。注意，新加入的原子的化学键已经自动加上。注意：你可以按Undo按钮取消错误操作。4、加入氧原子。按SketchAtom按钮旁的向下按钮，显示可选元素，选择氧Oxygen，在支链上移动鼠标，当变为蓝色显示时单击，这个原子就有了一个化学键，移动鼠标并双击。加入了O原子。在3D窗口工具条上按按钮，进入了选择模式。5.编辑元素类型。单击链末端的C原子，选定它。选定的对象用黄色显示。按ModifyElement按钮旁的箭头，显示元素

7、列表，选择Nitrogen氮，选定的原子就变为了氮原子。单击三维窗口中空白地方，取消选择，就可以看到这种变化了。6．编辑键类型。在三维窗口中在C和O原子中间单击选定C－O键。选定的键以黄色显示。按下SHIFT键，单击其它三个相间的键。现在选定了三个C－C键和一个C－O键。单击ModifyBond按钮旁的向下按钮，显示键类型的下拉列表，选择DoubleBond双键。取消选定。7.调整氢原子和结构现在可以给结构自动加氢。单击AdjustHydrogen按钮，自动给模型加入数目正确的氢原子。单击Clean按钮，调节结构的显示，它调整模型原

8、子的位置，以便键长、键角、和扭矩显示的合理。8.Kekule和共振键转变。MaterialsStudio的计算键工具可以容易的在KeKule（开库勒）和共振显示模式间转变。选择Build

9、Bonds命令，打开BondCalculation对话框。在BondingScheme（键模式）选项卡中，Option部分选中Convertrepresentationtocheckbox，空格里默认显示Kekule，选择Resonant。按对话框底部的Calculate（计算）按钮。C环以共振方式显示。本例子中要以Kekele方式显示，所以选择E

10、dit

11、Undo命令，或者按标准工具条中按钮，取消刚才的计算。关闭CalculateBonds对话框。9.查看修改键长：你可以使用草画工具条Measure/Change工具来查看修改距离、角度和扭矩等。Measure/Changetool单击Measure/Change按钮旁的向下按钮，选Distance(距离)，然后鼠标在氧原子上移动，直到它以蓝色凸出显示，单击。同样方式单击和氧原子成键的那个C原子。这样建立了一个距离监视器，以埃为单位显示键长。鼠标在三维窗口中空白处向下拖动，增加C－O键长度，再按Clean按钮。监视器的数值显示

12、出当前的长度。最后，单击RotationMode（旋转模式）按钮，拖动鼠标，以不同角度查看模型。距离监视器的颜色在活动时为红色，不活动时为蓝色。你可以使用PropertiesExplorer（属性管理器）查看你创建的模型的有关信息。选