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时间:2020-06-15
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1、使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性2012年09月26日Evolution字号小中大评论2条阅读2,547次[点击加入在线收藏夹]熊荣川,中国科学院成都生物研究所在进行种群遗传学研究时,都会用到核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)。下面简单介绍怎样用软件DnaSPv5(Libradoetal.,2009)得到相关的信息首先我们需要一个比对好的fasta文件,例如taiwan30aln.fas打开DnaSPv5打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框,或者说软件赋予你的数据的一些
2、默认信息比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型,因此我们常常需要对之进行修改以符合我们数据的实际情况,关掉这个信息框之后使用“data”->“format”选项卡进行修改。修改好之后,进行DNA多态性分析“Analysis”->“DNAPolymorphism”结果中包含了我们需要的核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd),当然了还有很多其他相关的信息。
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