NTI使用手册中文版.doc

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1、第一章安装和执行程序第一章　安装和执行程序　VectorNTI目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。厂商并没有针对授权时间进行限制，因此只要设定好LicenseServer的相关设定即可使用，不需要额外进行申请。但用户IP位置必须位于海洋大学校，方可与授权服务器联机。请下载下面这个档案进行安装vectornti.cs.ntou.edu.tw/VectorNTIAdvance10.exe以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式：1.选取开始→程序集→Invitrogen→VectorNTIAdvance10→LicenseManager(图1.1)。图1.

2、1授权设定2.在Applications页面中(图1.2)，点选下面的Dynamic按钮，上面四个字段请填上使用者的，系所单位，和电子位置，最下面一栏URLofDLS请入以下字符串：vectornti.cs.ntou.edu.tw:8080/vntidls.cgi。DLSServerrequiresauthentication目前不需要勾选。gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti1VectorNTI教育训练手册图1.2授权设定窗体3.在InternetSettings(图1.3)里面建议选取DirectConnection，这样当IE设定Pro

3、xy之后，才不会导致VectorNTI因为IP不在校而不能联机。图1.3VectorNTI授权网络设定　　4.设定之后可以点选TestConnection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结果显示ConnectionOK(图1.4)，就表示设定成功；如果显示Connectionerror，则表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。图1.4VectorNTI授权网络设定，成功右下角会显示ConnectOKgbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti2第一章安装和执行程序5.设定成功后，在Dynamiclicense

4、的页面记得按下Apply，最后在Applications(图1.5)把所有项目的Demomode改成Dynamiclicense。图1.5授权设定，将所有的Demomode改为Dynamiclicense　　　6.依上述流程开启VectorNTI应该都可以正常用户许可证运作，如果发生联机问题请与本中心的人员联络。　联机设定完成后就可以开始执行程序来操作了，首先NTI的文件夹有许多项目可供选择：其中一个为主程序(VectorNTI)，而其他的功能项目是附加在主程序底下，可以各别开启操作，也可以在主程序下面执行(图1.6)。图1.6VectorNTI主程序及附属程序各别开启主程序开启g

5、bl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti3VectorNTI教育训练手册首次进入主程序后系统将提示是否允许将新数据填入VectorNTI数据库中，点选OK。这样DNAmolecules，proteins，enzymes，oligos，andgelmarkers将组成NTI的数据库，并出现下列三个窗口(图1.7)。图1.7左边为文字窗口，右边为图谱窗口，下方为序列窗口图谱窗口文字窗口序列窗口　　　　这三个窗口为文字窗口、图谱窗口和序列窗口。文字窗口会将分析结果，作简单的文字叙述，并且可以自动做注记；图谱窗口会将序列以一个卡通图形进行说明，同时具有绘图

6、的功能；序列窗口会将分析结果，标定在序列上面，以序列呈现出来。　　接下来就是将序列加载程序中，我们可以将实验或是搜寻所获得的序列数据放进程序，本文将以一个针对斑马鱼基因筛选实验所得到的序列作为例。加载序列最直接的方式是从程序的左上角点选File→Open将序列档案开启，但是注意档案必须为GenBank/GenPept，EMBL/SWISS-PROT或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的情况下才能顺利开启序列。另一种方式是用剪贴的方式将序列贴入程序中，将在第二章介绍。gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti4第二章数据库建立和储存序列第二章

7、　数据库建立和储存序列　在了解主程序的样子之后，接下来必须要先了解NTI的数据是如何储存和读取，并且建立自己的序列数据库。NTI的程序中会有一个建好的数据库，在同时把存盘的路径预先设定在数据库的位置之中。我们自身主机的数据库叫做LocalDatabase，同时NTI提供了数据库分享的功能，可以透过网络和其他主机交换或分享序列数据。　如何建立自己的数据库？首先在主程序下点选数据库，图示(图2.1)：图2.1使用LocalDatabase开启数据库（LocalDataba