小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析-论文.pdf

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1、第42卷第4期河南科技学院学报2014年8月VoI．42No．4JournalofHenanInstituteofScienceandTechnoLogyAug．2014dot：10．3969~．issn．1008-7516．2014．04．002小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析孙双燕，李东方，张团，张胜利(河南科技学院，河南新乡453003)摘要：以NCBI中的EST数据库为主要数据来源，以一系列生物信息学软件为T具，进行了超氧化物歧化酶(SOD)基因的电子克隆及生物信息学分析．结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列

2、．该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性，并且含有完整的保守结构域；电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白，也不是膜蛋白，而是胞质蛋白．通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的．关键词：SOD基因；电子克隆；小麦中图分类号：s512文献标志码：A文章编号：1008—7516(2014)04—0007—04GenesinsilicocloningandbioinformaticsanalysisofSODinCOmmonwheatSunShuangyan，LiDong

3、~ng，ZhangTuan，ZhangShengli(HenanInstituteofScienceandTechnology，Xinxiang453003，China)Abstract：TakingESTdatabaseintheNCBIasthemaindatasource，withaseriesofbioinformaticssoftwareastools，theSODgeneinsilicocloningandbioinformaticsanalysiswasbeendone．TheresultsshowedthatobtainedSOD

4、genescodingregionoffull-lengthsequencethroughinsilieocloning．ThepredictionaminoacidsequenceofSODproteinhasaveryhighsequencesimilaritywiththeproteinaminoacidofsimilaritygenesintheproteindatabaseofNCBI，andcontainsacompleteconservativedomainstructure．TheencodingproteinofSODgeneo

5、btainedinthisstudybyinsilicocloningisnotsecretedproteins，membraneprotein，butthecytoplasmicprotein．Genefull-lengthstitchingofencodingregionisfeasiblebymeansofinsilicocloningthrougharelativeESTsequence．KeywOrds：supefoxidedismutasegene；insilicocloning；wheat超氧化物歧化酶(superoxidedism

6、utase，SOD)是一种源于生命体的活性物质，能消除生物体在新陈代谢过程中产生的过量的超氧自由基类有害物质．SOD具有防止小麦细胞膜过氧化功能，在小麦干旱、寒冷、贫瘠、病害等逆境环境下含量会增加，X~／J'麦正常生长起保护作用．因此，SOD基因的克隆对于小麦SOD相关的逆境抗性机理研究具有重要的理论意义I，对小麦分子育种也具有一定的参考价值．研究还发现，s0D能影响小麦花药的育性【2J．对于小麦来说，其庞大的基因组(约17G，是人类基因组的5倍多)、异源多倍体(异源六倍体)使功能基因克隆非常困难．随着高通量二代测序技术的不断成熟与广泛应用，转录

7、组测序、EST测序等累积了海量的DNA序列数据，这为进行基因的电子克隆提供了丰富的DNA数据J．本研究以NCBI中的EST数据库为主要数据来源，采用与前人类似的方法进行了小麦SOD基因的电子克隆研究．收稿日期：2014—06—16基金项目：国家级大学生创新训练项目(201310467068)作者简介：孙双燕(1990一)，女，河南周口人．通信作者：张胜利(1976一)，男，河北鸡泽人，博士，副教授．主要从事植物分子生物学研究7孙双燕等：小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析第4期表1SOD基因蛋白序列与NCBI蛋白质数据库blastp比对结果T

8、ab．1TheresultofblastpbetweenSODaminoacidandtheproteindatabaseofNCBI注