蛋白质组学数据分析

《蛋白质组学数据分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、北京伯奥克生物技术有限公司BeijingBiockBio-TechnologyCo.,Ltd诚信务实，精诚合作！¢北京伯奥克生物技术有限公司创建于2003年，以“诚信务实，精诚合作”为宗旨，致力于为高校、科研院所、医疗系统的生物实验室提供用SELDI蛋白质分离、检测以及生物信息学分析服务。公司由一批具有共同理想，充满激情的创业者组成，拥有一支由教授、副教授、博士后和博士组成的强大研发团队和具有丰富高新技术产业化经验的经营管理团队。公司与高等学校、医科院相关研究机构建立了广泛的产学研合作关系，保证了公司持续的创新活力。¢SELDI质谱分析平台◦公司拥有成熟的

2、SELDI-TOF-MS技术，用于快速而有效地对蛋白样品进行分离、处理、数据分析和鉴定；建立蛋白质组数据库、发现疾病的相关蛋白和具有重要应用前景的生物标记分子、建立疾病的早期诊断和治疗监测方法，我们愿为广大科研工作者提供先进的服务——蛋白质样品SELDI-质谱-数据处理分析。公司拥有成熟的SELDI蛋白指纹图谱数据库，用于肿瘤筛查及疗效判断等临床服务。▶蛋白质纯化鉴定服务▶质谱数据分析服务▶研究课题合作¢生物信息学分析服务◦在组学时代，基因组、转录组和蛋白质组数据激增，使许多分子生物学家面对海量的数据无法解读数据并锁定进一步研究的关键分子。生物信息学正是处

3、理大规模组学数据，解决难题的有力手段。公司具有优秀的生物信息学研究团队。为基因芯片数据分析及质谱数据分析提供优质分析服务。◦基因组和转录组数据分析服务项目主要包括基因组和转录组的denovo组装，基因注释以及功能分析，代谢途经分析等。◦蛋白质数据分析服务项目包括质谱数据深度分析、蛋白质注释及功能分析、蛋白质相互作用网络构建及分析、候选疾病标志物发现(蛋白质表达模式建模)、潜在药靶发现、蛋白质组研究主题信息服务和专业数据库研发等。¾基因组数据分析¾转录组数据分析¾蛋白质组数据分析◦基因组组装◦芯片数据标准化◦质谱鉴定、定量◦基因组注释◦差异表达分析◦蛋白质定

4、位分析◦基因组功能分析◦聚类分析◦功能富集分析◦进化分析◦富集分析◦PPI网络构建◦比较基因组分析◦调控网络构建◦PPI网络分析¢项目方案及分析服务咨询◦市场部：陈国良经理◦手机：13391570775◦邮箱：lmslmslms_1999@163.com地址：北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A100086电话：010-81136626邮箱：glchen@biock.cn主页：http://www.biock.cn北京伯奥克生物技术有限公司BeijingBiockBio-TechnologyCo.,Ltd}基因组数据分析案例¾denovo基

5、因组组装•对454，Illumina(Solexa)，SOLiD等第二代测序平台产生的测序数据进行质量控制和组装，主要指标包括基因组大小、L50/N50、scaffold最大长度等。•右图展示了基因组在组装过程中使用的reads在基因组上的mapping情况。图1.Visualizationofgenomeassembly¾基因预测与基因注释•基于已知物种Genemodels建立训练集，可以对未知物种的基因进行结构预测，并结合EST和蛋白质信息纠正预测结果，已增加预测的准确性。•对预测基因进行功能注释，包括Nt，Nr，Kegg，Swissprot，Inte

6、rpro等大型数据库。•右图为使用不同软件进行基因预测的可视化结果，该图对基因的结构进行了详细注释。图2.Visualizationofgeneprediction地址：北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A100086电话：010-81136626邮箱：glchen@biock.cn主页：http://www.biock.cn北京伯奥克生物技术有限公司BeijingBiockBio-TechnologyCo.,Ltd}蛋白质组数据分析案例}质谱数据鉴定及定量◦高通量质谱仪是目前进行蛋白质组学研究的重要手段，但是目前的蛋白质质谱数据解析率较低

7、。本公司发展了对鸟枪法鉴定蛋白质结果进行质量控制的算法。提供了质谱数据鉴定结果的质量控制，保证质谱鉴定的可信度，同时提高质谱解析率。同时，实现对蛋白质无标定量方法。图1：.TandemMS-MSspectrum}蛋白质功能注释及富集分析◦利用基因本体GO(geneontology)或者其它的功能注释系统（如通路，疾病）来分析蛋白质的功能。然后提供蛋白质功能注释的分布统计情况。该分析结果可以给出差异表达蛋白质总体的功能分布，从而使研究人员整体上把握疾病与分子功能之间的相关性。Bnucleotidebindingproteinbindingoxygenbind

8、ingionbindingantioxidantactivityh