蛋白质分析和蛋白质组学

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1、蛋白质分析和蛋白质组学基础学院病理生理学教研室引言从四个视角看蛋白质蛋白质组学分析细胞通路的生物信息学方法ProteinanalysisandproteomicsIndividualproteinsPerspective1:Proteinfamilies(domainsandmotifs)Perspective2:Physicalproperties(3Dstructure)Perspective3:LocalizationPerspective4:FunctionproteinPage389RNADNAprotein[1]Proteinfam

2、ilies[4]Proteinfunction[2]PhysicalpropertiesPage389[3]ProteinlocalizationGeneontology(GO):--cellularcomponent--biologicalprocess--molecularfunction从四个视角看蛋白质蛋白质家族蛋白质的物理性质蛋白质的细胞定位蛋白质的功能Perspective1:ProteindomainsandmotifsPage389从四个视角看蛋白质蛋白质家族蛋白质的模块性质具有同源序列的蛋白质，两条序列存在显著相似的区域。具有

3、序列相似性或显著结构特征的区域签名结构域模块模块元件折叠子模体模式重复DefinitionsSignature:aproteincategorysuchasadomainormotif结构域蛋白质中能折叠成特定三维结构的一段区域，也称为模块具有相同结构域的蛋白被称为一个蛋白质家族。DefinitionsSignature:aproteincategorysuchasadomainormotifDomain:aregionofaproteinthatcanadopta3Dstructureafoldafamilyisagroupofprotein

4、sthatshareadomainexamples:zincfingerdomainimmunoglobulindomainMotif(orfingerprint):ashort,conservedregionofaproteintypically10to20contiguousaminoacidresiduesPage390JohnReed等人于2001发现的新基因Bcl-GL。B。该基因BH3domains与Bcl-2家族其他蛋白质的比对分析。相同与相似的残基分别用黑色和灰色出题粗体字母标示C,上述蛋白质BH2domains的比对分析EBV

5、编码的BALF1，BHRF1蛋白质与Kaposi’ssarcoma-associatedherpesvirus（HHV8）ORF16(KSHVorf16)与细胞基因bcl-x，bcl-2的序列相似性。一致性的区域为黑色，保守区域为灰色。15mostcommondomains(human)Znfinger,C2H2type1093proteinsImmunoglobulin1032EGF-like471Zn-finger,RING458Homeobox417Pleckstrin-like405RNA-bindingregionRNP-1400SH

6、3394Calcium-bindingEF-hand392Fibronectin,typeIII300PDZ/DHR/GLGF280SmallGTP-bindingprotein261BTB/POZ236bHLH226Cadherin226Page391Source:Integr8atEBIwebsiteDefinitionofadomainAccordingtoInterProatEBI(http://www.ebi.ac.uk/interpro/):Adomainisanindependentstructuralunit,foundalon

7、eorinconjunctionwithotherdomainsorrepeats.Domainsareevolutionarilyrelated.AccordingtoSMART(http://smart.embl-heidelberg.de):Adomainisaconservedstructuralentitywithdistinctivesecondarystructurecontentandahydrophobiccore.Homologousdomainswithcommonfunctionsusuallyshowsequences

8、imilarities.Page390VarietiesofproteindomainsPage393Extendingalongthelengtho