烟草基因组中nbs类抗性基因的分析

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1、烟草基因组中NBS类抗性基因的分析专业作物学答辩人冷晓东指导教师樊龙江教授综述烟草是一种重要的经济作物，烟草行业一方面能够为国家增加税收，同时对发展国民经济和满足人民生活需要，都起了重大的作用。烟草作为模式植物，对于植物科学发展来说，无论是在基础研究还是在应用方面都起了很大作用，尤其是在遗传、育种、生理、生化以及采收后代谢方面。烟草也是研究植物病原互作最好的模式作物之一。抗性基因在植物与病原互作过程中，起到非常重要的作用。所以对抗性基因的研究，无论对植物本身，还是对指导育种都有非常重要的意义。在

2、烟草基因组测序的背景下，我们对烟草抗性基因进行了一些基础性的研究。研究过程烟草基因组的分析(基于TGI基因组序列)NBS类抗性基因的生物信息学分析烟草NBS类抗性基因遗传多态性分析NBS类抗性与抗性基因连锁的基因家族分析SSR分子标记的开发关于TGI（TobaccoGenomeInitiativehttp://tgi.ncsu.edu/）数据类型条数/平均长度累计长度（Mb）占基因组比例经甲基化筛选的克隆序列1,082,523(5files)682.2bp738.516.4％未经筛选的克隆序列1

3、6885+25023=41908746.2+682.3bp12.6+17.1=29.70.7%BAC克隆末端序列1628360.7bp0.587BAC序列140,156(93BACs)726.9bp101.92.3％合计1,266,215870.719.3％拼接去冗余后信息数据类型序列条数/平均长度数量（Mb）占基因组比例覆盖功能基因（比例）&基因密度（个/Mb）经甲基化筛选的克隆序列465433984.9bp<458.4Mb<10.2％2387（18.1％）（包括BAC序列）5.10未经筛选的

4、克隆序列10777+13912927.8+926.1bp10.0+12.9=22.9Mb<0.5%200.87BAC克隆末端序列647432.1bp0.28Mb1BAC序列（5X覆盖）3,285(92BACs)3047.2bp35.7contigsperBACs;108.7kbperBAC10.0Mb0.2％//合计494054<491.2Mb<10.9%<2408(<18.2%)所有数据来源基因组序列：TGIEST序列：TGIGenebankESTobacco(EuropeanSequenci

5、ngofTobaccoProjecthttp://www.estobacco.info/)TAB(TranscriptomeAnalysisofBY-2，http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/)RGA（Reistancegeneanalogue）的背景介绍IIIIIIIVVPKNBSLRRLZ/CCTIRTMPKPtoMi/PrfXa21Cf4/Cf9NNBSLRRLRRLRRTMRepresentativegene分析流程已知的NBS抗性基因同源序列搜索清理拼接基因预

6、测蛋白预测寻找结构域系统发育树已知的NBS类抗性基因ClassmotifRgenePlantPathigenAvrgeneAccessionLZ-NBS-LRRCCNB-ARCLRR5RPS2ArabidopsisthalianaPseudomonassyringaepv.tomato&maculicolaavrRpt2Q42484，P49597LZ-NBS-LRRTIRNB-ARCLRR9RPP1ArabidopsisthalianaPeranosporaparasiticaAAC72979，

7、LZ-NBS-LRRCCNB-ARCLRR2RPP8ArabidopsisthalianaPeranosporaparasiticaAAC83165，LZ-NBS-LRRNB-ARCRPP13ArabidopsisthalianaPeranosporaparasiticaQ9M667，T51185，AAF42832，LZ-NBS-LRRNB-ARCLRR5RPM1ArabidopsisthalianaPseudomonassyringaepv.maculitolaavrB,avrRpmlCAA6

8、1131TIR-NBS-LRRTIRNB-ARCLRR7RPS4ArabidopsisthalianaPseudomonassyringaeavrRps4CAB53785，TIR-NBS-LRRTIRNB-ARCLRR9RPP5ArabidopsisthalianaPeranosporaparasiticaavrRp5AAF08790LZ-NBS-LRRCCNB-ARCLRR4RPS5ArabidopsisthalianaPseudomonassyringae,Peranosporaparasi