decyder 2d software简明操作手册中文版

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1、中文操作手冊奇異亞洲醫療設備股份有限公司免費電話:0800-291-038台北:(02)28883570台南:(06)236-6642傳真:(02)28883580台中:(04)22809881高雄:(07)397-5953Index1.ImageLoader–膠片影像載入模組2.BatchProcessor–全自動批次分析模組3.DifferentialIn-gelAnalysis(DIA)–膠內差異分析模組4.BiologicalVariationAnalysis(BVA)–生物差異分析模組5.ExportP

2、ickList–輸出蛋白質切點列表DeCyder6.5分析軟體組織圖：1.ImageLoader膠片影像載入模組(1)雙擊桌面上DeCyder圖示。(2)輸入帳號與密碼，若無帳號密碼請洽系統管理員。(3)出現主畫面，雙擊ImageLoader圖示(4)開啟ImageLoader模組後，點擊Add加入膠片影像至載入列表，影像之命名格式為“GelxxCyxXXXXX.gel”(x為數字；X為任何字元)。(4)(6)(5)(5)點擊增加新的分析專案(Project)。(6)點擊Import將膠片影像載入置分析專案中。(

3、7)增加新的專案分析時，可依需求命名與註解。若分析結果不願與其他使用者分享，可將Publicaccess勾選取消。2.BatchProcessor全自動批次分析模組(1)點選軟體主畫面BatchProcessor的圖示。(2)開啟BatchProcessor模組後，執行File->AddDIAitem，出現以下畫面。(3)(5)(4)(3)點擊Add或Addall將分析專案中的可分析影像加入至分析列表。(4)輸入蛋白質點數10000，以及過濾背景訊號Volume<30000，如有需要可再設定其他濾點參數。(5)設

4、定完成後點擊OK，進行BVA分析設定。(6)點擊Add加入分組組別，並將Unassigned資料夾中的膠片影像拖曳至適當的分組組別中。(6)(6)(7)(8)(7)如要使用Pairedtest統計分析，於SampleID欄位輸入樣品來源編號。(8)組別分組設定完成後，將Setupproteinstatisticsandfilterd勾選選取，點擊Next進行統計分析設定。(9)選擇統計分析種類：Independenttests或Pairedtests。若欲比較的樣品來源來自同一個體，則選擇Pairedtests；

5、反之則選擇Independenttests。(9)(11)(10)(12)(13)(10)為提供差別倍率計算目標，Population1,2中各選擇欲分析組別：Population1為分母；Population2為分子。(11)勾選AverageRatio以獲得平均差異倍數；勾選Student’sT-test以獲得兩組差異可信度數據；勾選One-wayANOVA以獲得單一變因多組分析可信度數據；勾選Two-wayANOVA以獲得雙變因多組分析可信度數據。(12)勾選Falsediscoveryrate(FDR)以

6、降低得到假真或誤報結果的機率。(13)點擊Next進行興趣蛋白質點篩選設定。(14)依照需求設定有興趣蛋白質的條件門檻，可依統計數據、差異倍數、在膠片出現次數等條件設定，符合門檻的蛋白質標記成POI或Pick。(15)執行Process->Runbatch後，選擇儲存的分析專案及分析結果檔案名稱。(16)選擇延遲分析時間或指定開始分析時間，如要立刻開始分析則直接點擊Start。(17)分析狀態參閱下表：(18)直到出現Workspacesaved表示分析完成，此時可關閉Batchprocessor模組，並可打開D

7、IA或BVA模組以檢視分析結果。3.DIA膠內差異分析模組(1)點選軟體主畫面BatchProcessor的圖示。(2)(A)執行File->OpenWorkspace開啟已有的DIA分析檔案，或是(B)執行File->CreateWorkspace創建新的DIA分析。(3)(A)選擇欲開啟的DIA檔案，或是(B)選擇欲創建DIA分析的膠片影像。(A)開啟DIA檔案(B)創建DIA檔案(4)開啟分析畫面如下，分為膠片影像(ImageView)、分析圖(HistogramView)、3D立體圖(3DView)、分析

8、數據表格(TableView)：(5)若要偵測蛋白質點，執行Process->Processgelimage，設定蛋白質點數，建議值10000。若此膠片影像已包含自動取點機所需之參考定位點，則可勾選AutodetectPickingreferences。(6)使用排除過濾器(Excludefilter)濾掉雜點，執行Process->Excludefilter，依蛋白質點