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1、生物多样性2013,21(6):765–768Doi:10.3724/SP.J.1003.2013.04133BiodiversitySciencehttp://www.biodiversity-science.net生态学多元数据排序分析软件Canoco5介绍*赖江山(中国科学院植物研究所植被与环境变化国家重点实验室,北京100093)摘要:基于样方单元的生物群落调查多元数据是生物多样性研究中最基本的数据类型之一。排序(ordination)作为多元统计最常用的方法之一,目的是在可视化的低维空间展示多维数据的结构。Canoco是数据排序分析最
2、流行的软件之一。Canoco4.5自从2002年发布以来,凭借简单的操作界面和功能齐全的绘图工具,得到广泛的应用。但随着计算机技术的不断发展和新的排序方法不断出现,Canoco4.5已经无法满足生态学研究人员对于多元数据深入分析的需求。作为Canoco4.5的升级版本,Canoco5于2012年10月发布。Canoco5在Canoco4.5基础上做了很多改进,主要体现在简化数据输入、提供更完善的帮助系统和绘图工具、简化方差分解和显著性检验的步骤,并增加了一些新的分析方法(例如PCNM、NMDS、功能性状关联分析等)。本文概述了Canoco5所做
3、的这些改进,并对有些重要操作步骤进行提示,供同行参考。关键词:方差分解,邻体矩阵主坐标分析,非度量多维尺度分析,谱系,功能属性Canoco5:anewversionofanecologicalmultivariatedataordinationprogram*JiangshanLaiStateKeyLaboratoryofVegetationandEnvironmentalChange,InstituteofBotany,ChineseAcademyofSciences,Bei-jing100093Abstract:Ordinationofmu
4、ltidimensionaldataoncommunitycompositionisoneofthemostimportantmul-tivariatestatisticalmethodsusedinbiodiversityresearch.Theaimofordinationistovisualizemultidimen-sionaldatastructureatalow-dimensionalordinationspace.Canocoisoneofthemostpopularprogramsforordinationanalysisand
5、Canoco4.5waswidelyusedforsuchanalysisafteritsreleasein2002,becauseofitssimpleuserinterfaceandpowerfulgraphictools.AnewversionofCannoco,Canoco5wasreleasedinOc-tober2012.Thisnewversionsimplifiesdataentry,providesabetterhelpsystemandgraphicstools,simpli-fiesstepsofvariationpart
6、itioningandsignificancetests,addssomenewmethods(e.g.PCNM,NMDS,asso-ciationanalysisoffunctionaltraits,etc.).ThispaperprovidesanoverviewofthemajorimprovementstoCanoco5,andaddressesimportantstepsrequiredforparticularanalyses.Keywords:variationpartitioning,PCNM,NMDS,functionaltr
7、aits,phylogenetic基于样方单元的生物群落调查数据是生物多之间的关系为例,如果每个物种作为一个维度,有样性研究中最基本的数据类型之一。每个样方内通多少个物种就代表多少维度,那么这些样方可以被常包含很多物种(或环境因子)的数量信息。这样的当作多维空间的点的集合。如果所有样方只有2个原始数据常用多元数据矩阵来表示,一般是一行代物种存在,可以直接用二维平面上的散点图来描述表一个样方,一列代表一个物种(或环境因子)。样所有样方之间的关系。但样方内物种数通常超过2方、物种和环境因子数据结构特征以及它们之间的个,如果绘制所有物种组合下的平面散
8、点图,是非关系,是群落生态学研究的主要内容。以研究样方常庞大的工作量。比如,一个包括10个物种的矩阵,——————————————————收稿日期:2
