蛋白质胰蛋白酶水解过程双位点漏切肽段的质谱鉴定-论文.pdf

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1、第34卷第1期质谱学报Vo1．34No．12013年1月JournalofChineseMassSpectrometrySocietyJan．2013蛋白质胰蛋白酶水解过程双位点漏切肽段的质谱鉴定王勇，李水明，何曼文，邹永东(1．深圳大学生命科学学院，深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室，广东深圳518060；2．深圳大学生命科学学院，深圳市微生物基因工程重点实验室，广东深圳518060)摘要：为说明胰蛋白酶漏切位点数目设置对蛋白质搜库结果的影响，采用基质辅助激光解吸电离一串联飞行时间质谱(MALDI-TOF／T0F)高置信度地鉴

2、定了细胞色素c和大豆脱落胁迫成熟蛋白。在细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白的胰酶水解液中分别发现了2个和4个双胰酶漏切位点肽段，确认了文献中报道的当赖氨酸和赖氨酸相邻或赖氨酸、精氨酸各自与天冬氨酸或者谷氨酸相邻时，会引起胰蛋白酶的漏切。此外，还发现组氨酸一赖氨酸一异亮氨酸／丙氨酸结构也有此现象。本研究中检测出漏切肽段并没有明显提高序列覆盖率，但显著增加了蛋白质鉴定结果的确定性。在实际样品分析中如将漏切数设置为1有可能产生肽段鉴定的假阴性。关键词：胰蛋白酶；基质辅助激光解吸电离一串联飞行时间质谱；细胞色素c；大豆脱落胁迫成熟蛋白中图分类

3、号：O657．63文献标志码：A文章编号：1004—2997(2013)01—0029—06doi：10．7538／zpxb．2013．34．01．0029Identificati0nofTrypticPeptideswithDoubleMissedCleavageSitesbyMassSpectrometryWANGYong，LIShui—ming，HEMan—wen，ZOUYong—dong(1．ShenzhenKeyLaboratoryofMarineBioresourcesandEcology，CollegeofLifeSc

4、ience，ShenzhenUniversity，Shenzhen518060，China；2．ShenzhenKeyLaboratoryofMicrobialGeneticEngineering，CollegeofLifeScience，ShenzhenUniversity，Shenzhen518060，China)Abstract：Toinvestigatetheinfluenceofmissedcleavagenumbersoftrypsinfordatabasesearchingresults，CytochromeCanda

5、bscisicstressripening—likeproteinwereidentifiedbyMALDI—TOF／TOFmassspectrometry．TwoandfourtrypticpeptideswithdoublemissedcleavagewerefoundinthedigestsofcytochromeCandofabscisicstressripening—likeprotein，respectively．ItwasfoundthattWOmissedcleavagewillhappewhentWOlysiner

6、esi—duesneighbortoeachotherorlysinesandargininesneighborwithanasparticacidorglu—tamicacidresidue．Itwasobservedthatthisphenomenonwasrelatedtohistine—lysine—isole—unine／alaninesequence．Inthisstudy，thecertaintyofproteinidentificationratherthanproteincoveragewassignificant

7、lyimprovedwhentrypticpeptideswithdoublemissedcleav一收稿日期：2012—08—27；修回日期：2012—10—12基金项目：国家自然科学~(31070731)，深圳市科技研发资金科技条件平台计划重点实验室项目(CXB201005240008A)资助作者简介：王勇(1970~)，男(汉族)，吉林人，副教授，从事生物质谱分析。E—mail：wyong@szu．edu．cn30质谱学报第34卷agesiteswereidentified，whichindicatethatfalsenega

8、tiveofpeptideidentificationwillhappenwhenthenumberofmissedcleavagesitewassetto1．Keywords：trypsin；MALDI—TOF／TOF；missed