艾比根试剂盒土壤dna提取效率分析

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1、昆明学院学报2013，35(6)：57—6OCN53—1211／G4ISSN1674—5639JournalofKunmingUniversity艾比根试剂盒土壤DNA提取效率分析李文，陈立助，李小飞，拔旭涛，夏云，孔云虹(昆明学院生命科学与技术系，云南昆明650214)摘要：采用DAPI染色和红血球计数板计数分析了艾比根土壤DNA提取试剂盒的DNA提取效率，以及钢珠研磨和酶处理对DNA提取效率的影响．结果表明，艾比根土壤DNA提取试剂盒不能完全破碎土壤微生物细胞，DNA提取效率还有提升的空间．采用钢珠研磨、溶菌酶和蛋白酶处理能显著提高

2、艾比根试剂盒DNA的提取效率，改进后的方法可以较有效的用于提取土壤和活性污泥中微生物群落的DNA．关键词：土壤；微生物群落；艾比根试剂盒；DNA提取；PCR；凝胶电泳；DAPI染色；细胞计数中图分类号：S154．3文献标识码：A文章编号：1674—5639(2013)06—0057—04EficiencyAnalysisonAbigenKitforSoilDNAExtract~onLIWen，CHENLi—zhu，LIXiao—fei，BAXu—tao，XIAYun，KONGYun—hong(DepartmentofLifeScienc

3、eandTechnology，KunmingUniversity，YunnanKunming650214，China)Abstract：ApplyingDAPIstainingandhemacytometersassessedtheDNAextractioneficiencyofAbigenKitandinvestigatedtheeffectofbeadbeatingandenzymetreatmentonitsDNAextraction．Theresuhsshowedthatalargeamountofintactcellscoul

4、dnotbetotallybrokenbyDNAextractionfollowingtheprocedureprovidedbyAbigenKitwhichleavesapromotingspaceforDNAextractionefficien—cy．Applyingbeadbeating．1ysozymeorenzymetreatmentcouldimproveitsDNAextractioneficiency．ThemethodimprovecanbeusedeffectivelytoextractDNAinmicrobialc

5、ommunityfromsoilandactivatedsludge．Keywords：soil；microbialcommunity；AbigenKit；DNAextraction；PCR；gelelectrophoresis；DAPIstaining；cellcounting土壤DNA提取是研究土壤微生物群落组成和种有效的手段来验证这些方法的可靠性．艾比根试剂功能的关键步骤．用传统微生物学方法对复杂微生盒是目前国内少有的较经济的DNA提取试剂盒，它通物生态系统进行研究必须首先进行微生物的分离培过专利配方可以最大程度的去除土壤腐殖酸及

6、棕黄酸养．由于土壤微生物生态系统极为复杂及培养条件等杂质，同时加上多次漂洗，确保得到的DNA具有极的限制，可在实验室培养的微生物还不到土壤微生高纯度．此外其独特的抽提和裂解体系可以迅速裂解物总数的1％，相当多的微生物因无法人工培养而细胞壁和灭活细胞内核酸酶，不需要借助物理手段如未被认识⋯．20世纪80年代中期以来，微生物学家玻璃珠或钢珠研磨破壁，从而有效的保证基因组DNA开始采用免培养分子微生物生态学法直接对土壤微的完整．1生，提取的DNA可直接用于PCR，Southern．blot生物进行研究，其方法必须提取土壤微生物群落的和各种酶切

7、反应．拟采用艾比根试剂盒、DAPI染色、DNA．Volossiouk等使用液氮研磨及SDS(十二烷基细胞计数和统计分析、凝胶电泳与PCR扩增技术，分析磺酸钠)破解微生物细胞提取土壤DNA，Tsai等则测试土壤和污水处理厂活性污泥中微生物群落的采用溶菌酶和SDS法提取土壤DNA，而这些方法所DNA，探索可能提高其DNA提取效率的措施．提取的DNA杂质较多，严重影响后续研究结果．1材料与方法因此，Zhou等在土壤DNA提取中用CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)和PVPP(聚乙烯吡咯烷酮)去除其1．1材料中的腐植酸等杂质，取得了较好效果．后来，

8、Bourrain用于DNA提取的样品采自昆明学院听心湖旁草等从活性污泥中以及LaMontagne等从堆肥中提坪的贫瘠土(1～10em表土)和小树林的腐殖土(1～取了微生物群落的DNA．这些快速、高效、低成本