LncRNA课题设计内容思路和方法探究.pdf

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1、LncRNA课题设计思路和方法探究超螺旋：微信号：wg1985316QQ群号：307280677LncRNA课题设计思路目前，lncRNA研究依然还是重点，看看最近两年的国自然项目中关于lncRNA中的基金项目,我们可以看到它依然还是一个热点。如何去设计一个lncRNA有创造性的课题，肯定是困扰大家的一个方向吧，接下来我们结合发表在Mcell,cellstemcell上面的文章，看看高分文章是如何选题和进行科学研究的。希望能给大家带来帮助。课题选择之样本选择一个好的课题，最重要的是一个课题设计思路，首先选择ln

2、cRNA研究要选择好实验组和对照组，在lncRNATCF7中，我们看到作者选择的三组肝癌细胞（hep3b,hun7,PLC)是通过肿瘤干细胞标志物分选，然后通过芯片数据分析：注意：这样差异性的lncRNA肯定有很多，个人觉得他们同时肯定进行了rna-seq数据分析，然后结合两者分析数据找到了lncRNATCF7课题选择之样本选择注意事项：样本选择：1对照细胞系和耐药细胞系2肿瘤细胞和肿瘤干细胞3TGFB刺激细胞和非刺激细胞但是细胞样本至少有三组，这样差异性一致的lncRNA才更具有代表性。在孙树汉的MCELL中

3、是用的100例左右的临床组织样本进行分析，样本越多，普遍性越好，当然花费也就越大。课题选择之研究方法1：lncRNA结合转录因子，通过影响基因的启动子区域，调控基因的表达，从而调控细胞的表型，这个实验最大的难点在于RIP技术，rna-pull-down技术，这几个都是难度系数是9多的拦路虎，慎重进入2:lncRNA结合经典的mirRNA,调控关键蛋白的表达量，从而影响细胞的表型，目前这个是国内做的人数最多的，难度系数比较小，入手快。个人建议：目前做lncRNA最好加入部分表观遗传，因为表观遗传是热点，基金项目每

4、年接近300项，如：lncRNA启动子区域甲基化，组蛋白修饰，或者用Cas9的方法进行敲出基因。为什么作者选择lncRNATCF7在读这个文章的时候，我一直在思考这个问题，那样多的lncRNA，为什么单单选择了这个呢，个人认为存在的原因如下：1这三组对照细胞的RNA-SEQ，结合lncRNA分析，发现lncRNATCF7和调控的TCF7存在一致性。（牛B实验室，很有钱，花钱如流水的实验室）2sirna小分子库针对筛选出来的差异性的lncRNA(同样是牛B实验室所为）3屌丝做法：（1:查找文献，看看与表型发生一致

5、的基因，在该基因上下游去寻找关键的lncRNA;2确定几个差异性大的lncRNA，然后si干扰该lncRNA,表型做出来，然后寻找该lncRNA周围关键的基因，如果和si后，存在一致性，这个lncRNA就是我们要寻找的）TCF7在胚胎发育，肿瘤耐药中，起到关键作用，作者就是通过这种方法把两者建立关系的。lncRNATCF7的mRNA表达情况以上各种图分别说明：lncRNATCF7在肿瘤干细胞中，克隆形成的细胞中，以及在原代分离的肿瘤细胞形成克隆细胞中，正常组织，息肉，癌前组织，癌组织中表达量逐渐升高，作者想说明

6、：lncRNATCF7在肿瘤发生，发展中具有一致性，这样的数据非常严谨。如果有临床样本的朋友，在做细胞水平的时候建议同时检测组织中的表达量，这是该文章能不能高分的一个关键点lncRNATCF7的mRNA表达情况检测在癌旁和癌前，癌症中，各种不同的肝癌细胞系中，肝癌干细胞，肝癌细胞，正常肝细胞中lncRNATCF7的表达量，说明lncRNATCF7在肝癌发生，发展中是一个非常牛B的东西。不要怀疑我，我已经全部验证了，足够霸气。lncRNA第一个拦路虎在做lncRNA的人都知道，做未知的lncRNA难度很大的一个关

7、键就是不知道lncRNA的全长，需要我们通过race实验去扩增出全长。这个实验本身的难度系数还是比较高的，但是这个实验是做lncRNA高分的第一个拦路虎，就算已经知道序列的，还是建议去做race，做了可以堵住审稿的嘴巴，要不然肯定喷子弹。在孙树汉和lncRNATCF7的文献中都做过race,如下图：3扩增得到了全长，小诀窍：把芯片数据的基因在染色体上定位，小大后小的方式设计引物，也可以把全长弄出来，然后在根据全长设计引物走race.FulllengthoflncTCF7wasdeterminedby5'(lan

8、e1)and3'(lane2)rapid-amplificationofcDNAends(RACE)assays.ThelengthoflncTCF7was683nucleotides(lane3).Lane1,5'RACE;lane2,3'RACE;lane3,lengthoflncTCF7.lncRNA第一个拦路虎看到这个图，大家肯定会奇怪了，为什么lncRNA还有三个外显子？？？