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1、四、超级结构和化学反应式如何画更为复杂的结构,具体内容如下:如何利用2D优化画氨基酸;如何用3D优化画[2,2,2]环己烷,三将军结构(triptycene),正六面体结构;如何画化学反应式.1.利用2D优化画环形的氨基酸例111.由模板窗口(TemplateWindows)选择氨基酸(AminoAcids)。2.在氨基酸系列中,选择酪氨酸(Tyrosine),点击工作区复制结构。3.由化学基团表(TableofRadicals)中选择丙氨酸(Alanine)和色氨酸(Tryptophan),点击指定的原子,连接上相应的功能团。注意:在固定基团前,可通过按TAB键翻转原子团。4.如
2、下图所示从NH2拖动鼠标至OH功能团。5.点击清理键,并或把羟基双键旋转为垂直,得到所需结构。2.利用3D优化例12创建双[2,2,2]环己烷结构1.从选择菜单Options/Preferences,在Structure标签下,去掉AddHydrogens前面的对号,点击OK。2.由化学基团表中选取环己烷结构(Cyclohexane),点击工作区,得到环己烷结构。4.点击正常画图工具(DrawNormal),通过拖动画出如下的碳氢桥:5.点击3D优化键(3D-optimize),得到优化后的3D模型。注意:如果工作区中有多个结构,先利用选择工具选取将进行3D优化的结构(可以利用选择
3、/移动、选择/移动/调整、3D旋转工具、套索工具)6.如果Options/Preferences/Structure/Switchto3DRotationmode被选中,3D优化后将自动转为3D旋转状态。如果Switchto3DRotationmode没有被选中,点击3D旋转键后,将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上,拖动鼠标旋转结构直到得到所需结构。注意:1.从Options/Preferences,在Structure标签下,可以选择背景键断开或者连接,如果在BondsIntersections中的Enable被选中,则背景键断开,否则,背景键连接。2.改变交叉键的位置:选
4、择要改变的键,Tools/BringBondtoFront或SendBondtoBack.也可以通过激活ChangePosition键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT键将后面的键移到前面来。例13.创建三将军结构1.按照上例先画出2.由原子基团表中选择苯环,将光标放在a、b和c键上分别点击,连接上苯环。得到如下结构:3.如果工作区中有多个结构,先选择进行3D优化的结构,点击3D优化键进行优化,并进行3D旋转。4.使用改变位置键改变双键的位置,即可得到所需结构。例14画如下结构1.由基团表中选择环丁烷,在工作区点击两次,生成上下两个正方形。2.选择正常画图模式,通过从
5、一个原子到另一个原子拖动鼠标,连接环丁烷分子的角。3.选中上述结构,点击3D优化键,得到所要的3D模型。4.进行3D旋转,将鼠标放置在任意原子或键上,在工作区拖动鼠标旋转结构,得到所需要的结构。(注意交叉键为不断开,要创建新的一页绘制该结构,因例12、13均为断开)3.画化学反应式例151.从原子团表中选择苯环,按键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环翻转,然后在空白区点击,得到苯环,然后在苯环上的相应的位置点击,得到以下结构:2.再绘制一个苯环,点击右键去掉阴影,点击常规画图工具,然后在苯环的双键上点击,得到三键.3.按照上面所讲的画出三将军结构如下:4.从结构工具栏中,选择键,在
6、前面两个结构之间点击,得到加号。5.点击反应箭头键,在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标,得到箭头。注意:1.点击键右下脚的三角,可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。2.如果要移动加号或者箭头,可以点击选择/移动键Select/Move,然后将光标指在要移动的物体上,拖动鼠标。五、高级画法:模型讲解如何利用模型进行画图。主要内容:三种模型来源;如何利用功能画含有多个相同功能团的结构;如何自创模型;1.ACD/ChemSketch的3种结构模型来源1.化学基团表(TableofRadicals)2.模型窗口(TemplateWin
7、dow)3.快速模型工具(InstantTemplatetool)将模型连接到结构上的三种方法:a.连接键:将鼠标的指针指向特定的化学键,使结构的化学键和模型在光标上的影子结合,再点击鼠标。b.连接原子:将光标指向结构中相应的原子,产生连接键后,点击鼠标。c.螺旋线连接:将鼠标指向要连接的原子,按下SHIFT键,点击鼠标。注意:可以通过点击TAB键使悬在光标上的模型影子翻转。例161.由原子团表中选择环戊烷(cyclopentane),点击空白工作区,得到环结构.2.