高斯以及GV的基本操作.ppt

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1、高斯和高斯view的基本操作Gaussview的使用必须要进行高斯的安装,高斯的安装直接点击安装程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。1、前期的准备：结构优化1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的优化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)；2、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件；3、用Editplus软件打开gjf，进行修改并写入结

2、构优化命令其中注意：1、mol文件保存路径（英文）；2、从单晶gif文件里面copy的结构，注意：双键和氢的数目，检查键角的合理性，并手动完善后，然后保存为gjf的格式。如左上图所示。3、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件时，将writecartesians的(√)去掉。如左下图所示Editplus修改命令行如图所示，1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk；2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写4:%nproc=4;3、第三行为内存的设置

3、：一帮情况下结构优化内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以适当增加内存：%mem=400MW；结构优化：内存不大光学性质：内存稍微大点Editplus修改命令行4、第四行为命令行，b97d指的是方法，tzvp指的是基组opt指的是任务关键字，例如opt表示这个任务为结构优化#b97d/tzvpopt；其中：方法选择：具有弱相互作用选：b97d,D3，M06-2X一般情况下，没有金属选：b3lyp基组选择：（用数学的方式描述分子轨道）具有弱相互作用选：tzvp不具有弱相互作用选：6-31g（d）或6-3

4、1g*5、第五行和第七行空置6、文件名5、第八行0表示分子带的电荷，1表示自旋多重度自旋多重度：2s+1原则中性分子（0，1）、阴离子自由基（-2,5）、三线态（3）Editplus修改命令行注意事项新建立的gjf文件在最后一般都会有一段参数描述，如果保存为Z矩阵模式则需去掉后面的参数，如上图为去掉参数后的形式；下图为笛卡尔坐标且未去掉参数的形式，分子结构输入完成后要有1-2个空行过渡金属配合物的优化%chk=文件名.chk；%nproc=8;%mem=1000MW（不要超过2000mw—机器最高线）#pop

5、tb3lyp/gen（自定义基组）pseudo=read5d。。（坐标）空格一行CHON0(零)6-31g*（所有CHON都为这个基组计算）****M0（M—金属的元素符号，0-零）lanl2dz（所有的M用lanl2dz计算）****空格M0lanl2dz空格2、前期的准备：自己的电脑与工作站的连接计算机账户与密码10.20.156.1988核艮泰：root       MSOSIAM         iam(常用软件以及计算账户)MSOS        MSOSgentai      gentaijiew

6、ei未知10.20.156.1994核京峰：root       gmsosGMSOS     gmsosxie(常用软件以及计算账户)Jf未知taiqwerty常用连接软件XSHELL,XFTP连接上之后，如果想看工作站正在工作的情况，在命令行中输入：top后回车在PIDUSER中看cpu的使用情况3、开始计算：文件传输通过Xftp软件将，写好的gjf文件传输到工作的计算机上，如上图。然后在工作计算机上建立在sh文件，可以拖到自己电脑上，通过Editplus软件打开修改，格式为：nohup文件名.gjf

7、文件名.log&。然后打开上面菜单栏，红色的Xshell，进入命令输入模式，任务结束的两个判定标准Normal！！！！结构优化的任务中前两个yes，后两个最好有2个yes4、结构优化可以得到的内容1：前线分子轨道；2：分子能量；3：电荷与静电势分布1）、建立f.chk文件2）、在Gaussview中打开fchk文件计算前线分子轨道3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量搜索文本中最后一个能量参数:SCF对应的E即为分子能量，单位：Har

8、tree1Hartree=27.2114ev=2625.49962kJ/mol=627.509 469kcal/mol4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷5、利用结构优化做其他计算1：将log文件用GV打开保存为gjf文件2：用Editplus软件打开修改命令行3：td指进行紫外吸收的计算，tdopt指进行激发态优化6、紫外吸收光谱的计算一、原理：计算激发吸收，即为紫外吸收光谱二、g