使用ZDOCK进行蛋白质对接.ppt

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1、2015/11/19使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接实验目的：掌握DiscoveryStudio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。软硬件环境：DiscoveryStudio4.0，Win764版Dell3020工作站蛋白质结构文件：牛胰岛素：2ptn.pdb胰岛素抑制剂(CMTI-I)：2sta_I.pdb实验原理蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。在DS中，ZDOCK模块可以实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。实验步骤1.载入受体和配体分子1）启动DiscoveryStudio4.02）在同一个3D窗口中打

2、开受体和配体蛋白在文件浏览器（FilesExplorer）中，展开Samples

3、Tutorials

4、ProteinModeling文件夹，双击2ptn.pdb文件。DS将在一个新的3D窗口中打开该蛋白。在同一文件夹中，将2sta_I.pdb拖至上述同一分子窗口（2ptn）中。2.打开ZDOCK设置对话框Macromolecules

5、DockandAnalyzeProteinComplexes，点击DockProteins（ZDOCK），打开DockProteins（ZDOCK）对话框。3.运行ZDOCK并查看结果点击Run运行作业，在对话框中观察作业运行状态。点击Background后台运行

6、该作业。待作业完成以后，双击任务浏览器（JobsExplorer）中相应的行，打开Report.htm在report文件中分析Summary部分并点击ViewResults以打开一个包含对接pose的新窗口。ZDOCK结果