胃癌GEO芯片分析报告.pdf

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1、一、GSE26851、数据下载从NCBIGEO公共数据库下载GSE2685的SeriesMatrixFile数据文件，包含22个胃癌样本，8个健康样本。2、差异表达使用limmaR包计算正常组织和胃癌组织的差异表达情况(

2、logFC

3、>1&P<0.05)，共找到628个满足条件的差异基因(保存在2685/1diff/diff.xls)。其中350个基因上调(保存在2685/1diff/diffUp.xlsx)，278个基因下调(保存在2685/1diff/diffDown.xlsx)。表1差异基因表格前十个基因gen

4、elogFCAveExprtP.ValueATP4A-4.4802162287.635508505-18.343756272.73E-18ATP4B-7.0887280785.275536945-15.289913114.65E-16GIF-8.7665525454.686090936-13.700988839.31E-15RNASE1-2.4806678057.941408739-11.043916672.55E-12CAMK2G1.6026405225.4592837878.7991055125.77E-10GN

5、AT1-2.3751025935.716939772-8.5713213861.04E-09STIP12.2400758128.0231875688.5418442861.12E-09MYLPF-1.3462774046.217175673-8.412107491.57E-09TIGR-1.3790940666.142568521-8.2857931062.18E-09SLC9A1-1.3837490928.861908826-8.1597687313.04E-09注：Gene基因symbollogFClog(差异倍

6、数)AveExpr平均表达值t检验值P.Value统计P值图1：芯片间normalize矫正前后归一化前蓝色象限图，中位值不在一条直线上，归一化后红色象限图，中位值在一条直线上，消除芯片之间的差异。3、聚类分析使用pheatmapR包对差异基因进行聚类分析(Bidirectionalhierarchicalclustering)，差异基因聚类图如(保存在2685/1diff/pheatmap.tiff)。从图2可以看出，差异基因可以很好的将正常样本和胃癌样本分开。图2红色代表高表达，绿色代表低表达。图形上方正方形颜色

7、代表样品，蓝色代表正常样品，红色代表胃癌样品。4、差异基因GO分析使用DAVID对差异基因进行GO功能富集分析，PValue<0.05被作为筛选条件。我们共找到22个相关的GO，富集的表格如表2(2685/2GO/GO.xlsx)，图形如图3(2685/3GO/GO.tiff)。表2差异基因GO富集结果TermCountPValueGO:0005615~extracellularspace1091.05E-20GO:0070062~extracellularexosome1724.92E-20GO:0030574~c

8、ollagencatabolicprocess181.62E-11GO:0005576~extracellularregion964.75E-10GO:0042493~responsetodrug341.89E-09GO:0005515~proteinbinding3471.56E-08GO:0022617~extracellularmatrixdisassembly151.57E-07GO:0030198~extracellularmatrixorganization235.44E-07GO:0031012~ext

9、racellularmatrix285.58E-07GO:0016324~apicalplasmamembrane271.34E-06注：Term富集的GOCount差异基因落在Term的数目PValue富集统计学P值图3差异基因GO富集结果横坐标是富集的GO，纵坐标是差异基因的数目和比率。不同的颜色代表不同的GO分类，即Molecularfunction、Biologicalprocess和Cellularcomponent。5、KEGG通路富集分析使用DAVID对差异基因进行KEGG功能富集分析，图形如图4(26

10、85/3KEGG/KEGG.tiff)。图4KEGG通路富集图横坐标是基因数目，纵坐标是靶基因富集的KEGG通路，柱子的颜色代表富集显著性。6、蛋白互作网络使用String在线工具对得到的差异表达基因进行蛋白质与蛋白质相互作用关系的构建，筛选网络中关键基因，得到基因关系对(保存在2685/4Net/comp.xlsx)。利用Cytoscape进