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1、5生命的化学62002年22卷1期)81)文章编号:1000-1336(2002)01-0081-03利用SWISS-PROT网获取生物信息学资源刘树春(中国医科大学医学信息学系,沈阳110001)关键词:生物信息学;蛋白质序列;因特网表1SWISS-PROT蛋白质序列数据库中图分类号:Q51中各种氨基酸分布氨基酸%氨基酸%氨基酸%氨基酸%Ala7.62Gln3.94Leu9.54Ser7.08生物信息学是是采用数学、统计学和计Arg5.19Glu6.47Lys5.97Thr5.57算机方法对生物学数据信息进行采集、存储、Asn4.35Gly6.
2、85Met2.36Trp1.21Asp5.25His2.25Phe4.10Tyr3.16[1]传播、分析、归类、解释的科学。Internet网Cys1.62Ile5.85Pro4.89Val6.61络是信息传输、检索、获取、交流的重要手段。表2SWISS-PROT蛋白质序列数据库引用当前,在Internet网上可以查询到大量的生物文献来源期刊分布信息学数据库,其中SWISS-PROT蛋白质序被引用文列数据库是网上生物信息学最核心的3个数No.期刊名称%献(篇)据库之一。通过该数据库,可以较完整地获1JofBiolChem81258.752Proc
3、NatlAcadSciUSA46595.02得生物大分子的序列信息。同时,研究者也3NucleicAcidsRes35603.83可以将测定的序列信息通过该数据库予以认4JBacteriology33203.585Gene31633.41定、发表、交流。本文主要探讨SWISS-PROT6FEBSLett25022.69蛋白质序列数据库的特点、检索方法及利用7BiochemBiophResCommun23162.498EurJBiochem22742.45Internet获取蛋白质序列信息。9Biochemistry21642.331.蛋白质序列数
4、据库10EMBOJ20062.1611Nature19142.061.1SWISS-PROT蛋白质序列数据库12BiochimBiophActa18461.9913JMolBiol16921.82SWISS-PROT是蛋白质序列注释性知识数据14Cell15281.65库,创建于1986年,由瑞士生物信息学研究15Genomics14871.6016MolCellBiol14391.55所(SwissInstituteforBioinformatics,SIB)和欧17BiochemJ11121.20洲生物信息学研究所(EuropeanBioin
5、formatic18MolGeneGene10871.1719PlantMoleBiol10811.16Institute,EBI)共同协作维护。该数据库到20Science10391.122001年末共收录102708个序列数据,包含37803202个氨基酸。在SWISS-PROT数据1000次以上,合计贡献文献48314篇,占总库各种氨基酸的分布中,亮氨酸、丙氨酸、丝被引用文献数的52.04%,说明这些期刊是氨酸、甘氨酸、缬氨酸、谷氨酸占较高的比例,发表蛋白质序列相关信息的主要文献源。而组氨酸、半胱氨酸、苯丙氨酸等占的比例较1.2SWISS-
6、PROT数据库的特点小(表1)。(1)可提供蛋白质序列的详尽注释信息序SWISS-PROT数据库现有的序列数据涉列注释包括蛋白质功能、蛋白质翻译后修饰、及1202种期刊的92845篇文献。被引用结构域和结合位点、二级结构、四级结构、蛋100篇文献以上的期刊有91种,其中经常被白质缺陷相关疾病等信息。引用的前20种期刊(表2)被引用次数皆在(2)避免过多的重复在SWISS-PROT中,尽量避免过多的重复。对同种蛋白质的多个记收稿日期:2001-10-15录进行仔细比较后归结到一个记录内,方便作者简介:刘树春(1963)),男,博士生。了用户检索利用
7、。)82)5生命的化学62002年22卷1期表3SWISS-PROT记录字段及含义缩写全称含义缩写全称含义IDIdentification标识号RCReferencecomments参考文献评注ACAccessionNumber登记号RXCross-references交叉参考DTDate创建日期RAReferenceauthors文献著者DEDescription名称RLReferencelocation文献出处GNGenename(s)基因名称CCCommentsornotes评注或注释OSOrganismspecies来源物种DRDatab
8、asecross-references数据库参见OGOrganelle来源细胞器KWKeywords关键词OCOrganismclass
