ubuntu运行lammps编译的总结.doc

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1、ubuntu运行lammps编译的总结：（1）首先要安装编译器，sudoapt-getinstallbuild-essential,接着下载lammps解压缩gunzip，tar（2）如果是单机运行（我就是），不需要安装fftw以及mpi。（a）首先到~lammps/src/STUBS的文件夹下，make一下，生成.a的库文件，用来，代替lmpi。好像这段没有障碍，有的话，肯定是makefile出错了，修改他。（b）到~lammps/src/MAKE文件夹下，对照自己的系统，看看有没有和自己一样的先成的make文件，没有也没关系，找个和自己相似的系统，进行修改。（这个文件夹下有许多

2、makefile，你打开看一下，大同笑异，改起来应该不会费劲）修改只需要对-I和-L后面进行修改，如果不用ffftw，改为CCFLAGS=-g-O-I/home/guxf/lammps/src/STUBS-DFFT_NONE-DGZIP单机运行LINKFLAGS=-g-O-L/home/guxf/lammps/src/STUBSUSRLIB=-lmpi这些文件都是对照自己具体的目录设置的。（3）返回上级目录，输入命令sudomakedebian，一切ok，会生成lmp－debian的文件。（4）lammps目录下有个examples的文件夹，可以测试一下。具体命令参见lammps代

3、的手册。＃把lmp－debian考到，你要测试的文件夹下cp../../src/lmp_debian../obstacle/＃运行../obstacle/lmp_debian

4、x版，而是2.x。apt-getinstallfftw2libmpich1.0-devgfortran复制代码下载并解压缩源文件包以后，进入解压后路径下的src/目录，只要简单的“makedebian”就可以得到可执行文件(lmp_debian)得到lmp_debian之后，就可以运行那些例子了。但是你并没有得到lammps所支持的所有功能。lammps支持package，有系统自带的也有用户自行开发的。默认只编译"kspace","manybody",和"molecule"三个系统自带的包。其他还有一些“asphereclass2colloiddipoledpdgranularm

5、eamoptpoemsxtc”包没有编译进可执行程序，也就是说你不能使用那些额外功能。如果需要全部编译。这可以通过先“makeyes-all”然后“makeclean”,"makedebian"来完成。稍微有一点麻烦的是，有两个包“meam”和“poems”是第三方开发的独立程序，源代码并没有在src目录下。你需要到../lib/中才可以看见它们的目录，需要分别编译。先说poems，应该用用于刚体模拟的，进入lib/poems/后，直接“makeMakefile.g++”再说编译meam，这个meam是fortran写的，前面由于已经安装了gfortran，作者也给了Makefil

6、e.gfortran,所以只要“makeMakefile.gfortran”即可得到libmeam.a了到这里，我们准备好了所有的lammps附属包，可以重新编译最终的可执行文件了。为了能让编译器找到需要库和头文件，我们还需手工修改一下makefile。我这里就是修改src/MAKE/Makefile.debian。要改这三行：CCFLAGS=-g-O-I/usr/lib/mpich/include/-DFFT_FFTW-DLAMMPS_GZIP-I/lammps全路径/lib/poems/-I/lammps全路径/lib/meam/LINKFLAGS=-g-O-L/lammps全

7、路径/lib/poems/-L/lammps路径/lib/meam/USRLIB=-lfftw-lmpich-lpoems-lmeam-lgfortran-lgfortranbegin注意加粗的地方是要添加的。大致的意思就是告诉编译器哪里有额外的库文件，头文件。欢迎大家拍砖。[本帖最后由redream于2008-6-2221:22编辑]